孕晚期医院开证明请假，一般情况下是不应扣工资的，但具体还需根据医疗期、请假时长以及公司规章制度等因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、医疗期内的工资支付规定
根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及各地类似《青岛市企业工资支付规定》的地方性法规，劳动者因病或非因工负伤停止工作，在规定的医疗期内，用人单位应按照一定标准支付病假工资或疾病救济费。具体来说：
医疗期内的病假工资：在规定的医疗期内，停工医疗累计不超过一定期限（如6个月）的，用人单位应发给本人工资一定比例（如70%）的病假工资。
医疗期延长后的疾病救济费：若停工医疗累计超过该期限，则发给本人工资更低比例（如60%）的疾病救济费。
最低工资标准保障：病假工资和疾病救济费最低不得低于当地最低工资标准的80%，这为劳动者提供了基本的收入保障。
二、孕晚期请假的特殊性
孕晚期是孕妇身体负担较重的时期，医生可能会根据孕妇的身体状况开具病假证明，建议其休息。这种情况下，孕妇的请假应被视为病假，享受上述医疗期内的工资支付待遇。
三、公司规章制度的影响
虽然法律法规对病假工资有明确规定，但公司内部的规章制度也可能对请假和工资支付有具体规定。然而，这些规章制度不得违反法律法规的强制性规定。如果公司规章制度中关于孕晚期请假扣工资的规定与法律法规相悖，那么该规定是无效的，公司应按照法律法规支付病假工资。
四、实际操作建议
保留证据：孕妇在请假时，应确保有医院开具的病假证明，并妥善保存，以备不时之需。
了解公司政策：在请假前，了解公司的请假制度和工资支付政策，确保自己的权益不受侵害。
沟通协商：如果公司试图扣减工资，孕妇可以与公司进行沟通协商，明确自己的权益和法律法规的规定。
寻求法律援助：如果沟通无果，孕妇可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
五、可能遇到的特殊情况
请假时长超过医疗期：如果孕妇的请假时长超过了规定的医疗期，且公司未按规定组织劳动能力鉴定，那么公司应按不低于当地最低工资标准的80%支付疾病救济费。
公司恶意扣减工资：如果公司无视法律法规和医院证明，恶意扣减孕妇工资，孕妇有权通过法律途径维护自己的权益。
总结来说，孕晚期医院开证明请假，在医疗期内，公司应按照法律法规支付病假工资或疾病救济费，不得随意扣减。如有任何疑问或遇到不公待遇，请直接向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。