针对您提出的“合同约定违约金按合同款项计算，但已经支付了部分款项，违约金该怎么计算”的问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，合同违约金的计算方式应首先遵循合同中的明确约定。在您的情况下，合同中已经约定了违约金按合同款项计算，这是双方协商一致的结果，具有法律约束力。
一、合同有明确约定时的计算方式
若合同中直接规定了固定金额的违约金：
- 这种情况下，无论合同款项是否已部分支付，违约金的数额都是固定的，违约方需按此数额支付。但需要注意的是，如果合同款项已部分支付，且该部分支付与违约行为无直接关联（如预付款、定金等），则违约金的支付通常不会因部分款项的支付而减少。
若合同中约定以合同款项为基数，按一定比例计算违约金：
- 在您的情况下，由于已经支付了部分款项，因此计算违约金时，应以未支付的合同款项为基数，按照合同约定的比例进行计算。例如，合同约定违约金为未支付款项的10%，若未支付款项为100万元，则违约金为10万元。
二、合同无明确约定或约定不明确时的处理
- 如果合同中没有明确约定违约金的计算方式，或者约定不明确，那么违约金的计算将依据法定方式或由法院/仲裁机构根据具体情况酌定。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违约金应相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违约一方订立合同时预见到或应当预见到的因违约可能造成的损失。
- 在这种情况下，守约方需要充分举证其因违约所遭受的实际损失，以便法院或仲裁机构能够做出公正合理的裁决。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 在签订合同时，双方应仔细审查并明确约定违约金的计算方式和标准，以减少后续可能的纠纷。
保留相关证据：
- 在合同履行过程中，双方应保留好与合同款项支付、违约行为等相关的证据材料，以便在发生争议时能够提供有力的支持。
积极沟通协商：
- 若发生违约行为，违约方应积极与守约方沟通协商，争取达成双方都能接受的解决方案。如果协商不成，可以诉诸法律途径解决。
综上所述，合同部分履行时违约金的计算方式应首先遵循合同中的明确约定；若无明确约定，则可根据实际损失及相关法律规定进行计算和赔偿。在实际操作中，双方应充分了解相关法律法规和合同条款，以确保自身权益得到有效保护。希望以上解答能够对您有所帮助。