司法鉴定中心未按照保险公司指定的鉴定标准进行鉴定，这一行为本身并不必然违法，是否合法需结合具体情形判断。以下从不同角度进行分析：

1. 鉴定标准的法定性与自主性
   司法鉴定中心进行鉴定时，应优先适用国家统一制定的鉴定标准（如《人体损伤致残程度分级》《道路交通事故受伤人员伤残评定》等）。若保险公司指定的标准与国家强制性标准冲突，或属于行业内部非强制性标准，鉴定中心有权拒绝适用，其行为合法。
   若保险公司指定的标准是双方合同明确约定的（如保险合同中约定采用特定行业标准），且该标准不违反法律强制性规定，鉴定中心未采用可能构成违约，但需进一步审查合同效力及鉴定中心是否接受委托时明确同意适用该标准。

2. 鉴定程序的独立性原则
   根据《司法鉴定程序通则》，司法鉴定机构应独立、客观、公正地开展鉴定，不受任何组织或个人干涉。保险公司作为委托方之一，无权单方面强制要求鉴定中心采用特定标准，否则可能干扰鉴定独立性。若鉴定中心因外部压力违反法定程序，其行为违法；但若系主动拒绝不合理要求，则合法。

3. 鉴定结果的法律效力
   鉴定结论的合法性取决于鉴定主体资质、程序合规性及标准适用正确性。即使未采用保险公司指定的标准，只要鉴定中心依据法定标准完成鉴定，结果仍具有法律效力。保险公司若对结果有异议，可通过申请重新鉴定或诉讼中质证等方式解决，而非直接否定鉴定合法性。

建议行动：

• 若您是保险纠纷当事人，可要求鉴定中心出具书面说明，明确未采用保险公司标准的理由及依据；
  
• 审查保险合同中关于鉴定标准的条款，评估其合法性及对自身权益的影响；
  
• 如认为鉴定程序违法或结果不公，可依法申请补充鉴定、重新鉴定或通过诉讼途径维权。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件细节。