结论：父亲将自己的公司房产出租给子女并签订了合同，但子女未支付租金，这一行为本身在税务部门是否认可的问题上，主要取决于合同的真实性、合法性以及是否符合税务申报和缴纳的相关规定。税务部门主要关注的是交易的真实性和税务的合规性，而非单纯的亲属关系。
详细分析：
合同的真实性与合法性：
- 税务部门在审查此类交易时，首先会关注合同的真实性和合法性。合同应当是双方真实意思的表示，且内容不违反法律法规的强制性规定。如果合同真实有效，且租赁行为确实发生，那么税务部门通常会认可这一交易。
租金支付情况：
- 尽管子女未支付租金，但这并不直接影响税务部门对合同本身的认可。然而，从税务申报和缴纳的角度来看，如果租金未实际支付，那么出租方（即父亲的公司）可能无法就这部分租金收入进行税务申报和缴纳。这可能导致税务部门对公司的税务合规性产生疑问，并可能引发进一步的税务审查或调整。
税务申报与缴纳：
- 根据税法规定，出租房产取得的租金收入应当纳入公司的应纳税所得额，并依法缴纳相关税费。如果公司未就租金收入进行申报和缴纳，那么税务部门有权进行税务调整，并可能对公司处以罚款或滞纳金等处罚。
亲属关系的影响：
- 亲属关系本身并不影响税务部门对交易真实性和合法性的判断。然而，在实际操作中，税务部门可能会更加关注亲属之间的交易，以防止通过虚假交易来逃避税务义务。因此，即使交易双方是亲属关系，也应当确保交易的真实性和合法性，并按照规定进行税务申报和缴纳。
建议：
- 确保合同的真实性和合法性：双方应当签订真实有效的租赁合同，并明确租金支付方式、时间等关键条款。
- 及时进行税务申报和缴纳：出租方应当按照税法规定，就租金收入进行税务申报和缴纳，以避免税务风险。
- 保留相关证据：双方应当保留与租赁交易相关的所有证据，如合同、支付凭证等，以备税务部门审查。
可能后果：
- 如果公司未就租金收入进行税务申报和缴纳，税务部门有权进行税务调整，并可能对公司处以罚款或滞纳金等处罚。
- 如果税务部门认为交易存在虚假或逃避税务义务的情况，还可能对公司进行更深入的税务审查或调查。
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