摩托车在实习期内载两个小孩被查到的处罚需分情况讨论，具体如下：

1. 关于实习期驾驶资格与载人规定
   根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，摩托车驾驶证（如E证）实习期内驾驶人不得单独上高速公路，且摩托车后座不得乘坐未满12周岁的未成年人。若驾驶人载两名小孩均未满12周岁，则直接违反该规定；若其中一名已满12周岁，则仅对未满12周岁的部分违规。

2. 具体处罚措施

   • 行政处罚：
     根据《道路交通安全法》第九十条，违反载人规定的，通常处警告或20元以上200元以下罚款。具体金额由交警部门根据违规情节（如小孩年龄、是否造成安全隐患等）裁量。
     
   • 驾驶证处理：
     实习期内违规载人一般不会直接导致驾驶证吊销或注销，但若累计记分达到12分，则实习期延长一年；若延长期内再次记满12分，则注销驾驶证（需重新考试）。
     
   • 其他后果：
     若因载人导致交通事故，保险公司可能以“违规载人”为由部分或全部拒赔，驾驶人需自行承担赔偿责任。

3. 特殊情形说明

   • 若摩托车为轻便摩托车（F证），其本身禁止载人，无论小孩年龄，均构成违规，处罚力度可能更重。
     
   • 若驾驶人同时存在无证驾驶、酒驾、超速等其他违法行为，将合并处罚，可能面临拘留、罚款、吊销驾驶证等更严厉措施。

建议：立即停止违规载人行为，确保后座乘客均符合年龄要求（满12周岁）。若已收到处罚决定书，可在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼；若对处罚依据或程序有疑问，可直接向我咨询具体法律适用问题。