关于您提出的“三个月试用期请假不能超过三天是否合理”的问题，这实际上涉及到了试用期规定以及请假制度两个方面的内容，但核心在于判断这一规定是否与法律法规相冲突或不合理。
首先，我们来看试用期的法律规定。根据《劳动合同法》第十九条第一款的规定，试用期的期限是根据劳动合同的期限来确定的。具体来说，劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。这一规定明确了试用期的上限，用人单位在设定试用期时必须遵守这一法律限制。
接下来，我们分析您提到的请假制度。请假制度是用人单位内部管理的一部分，它通常规定了员工在何种情况下可以请假、请假的流程以及请假期间的待遇等。然而，请假制度本身并不直接决定试用期的长短或试用期内请假的具体天数限制。用人单位可以在不违反法律法规的前提下，根据自身的经营需要和岗位特点，制定合理的请假制度。
现在，我们回到您的问题本身。如果用人单位在制度中规定“三个月试用期请假不能超过三天”，这一规定本身并不直接违反《劳动合同法》中关于试用期期限的规定。但是，这一规定是否合理，则需要从多个角度进行考量：
合理性考量：用人单位设定这样的规定，可能是出于对员工在试用期内工作态度和稳定性的考察。然而，过于严格的请假限制可能会对员工造成不必要的压力，甚至影响员工的正常生活和健康。因此，用人单位在制定此类规定时，应充分考虑员工的合理需求，确保规定的合理性和人性化。
合法性考量：虽然这一规定不直接违反试用期期限的法律规定，但如果用人单位因此拒绝员工合理的请假申请，或者以违反请假规定为由解除劳动合同，则可能涉及违法解除劳动合同的问题。在这种情况下，员工有权依法维护自己的合法权益。
建议：对于用人单位而言，建议制定更加合理和人性化的请假制度，明确请假的条件和流程，同时确保制度的合法性和合规性。对于员工而言，如果认为用人单位的请假制度不合理或存在违法行为，可以通过与用人单位协商、申请调解或申请仲裁等方式来维护自己的合法权益。
综上所述，三个月试用期请假不能超过三天的规定本身并不直接违反法律法规，但其合理性需要用人单位根据实际情况进行考量。如果员工认为这一规定不合理或存在违法行为，可以依法维护自己的权益。