三方协议不备案，公章依然有效，但备案与否可能影响协议的对外公示效力及对抗第三人的能力。以下从不同角度为您详细分析：

一、公章的法律效力

公章是法人、非法人组织在对外进行民事活动时，用以确认身份、表明意志、加具信用的重要工具。根据《中华人民共和国民法典》及相关法律规定，公章本身具有法律效力，能够代表法人或非法人组织的意志。因此，在三方协议上加盖公章，即表明该协议是各方真实意思的表示，具有法律约束力。

二、备案的法律意义

备案通常指的是将相关文件或事项提交给有关部门进行登记、存档，以便公众查询或作为某种法律效力的依据。对于三方协议而言，备案并非其生效的必要条件。也就是说，即使三方协议没有备案，只要各方在协议上加盖了公章，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，该协议仍然具有法律效力。

然而，备案在某些情况下可能具有特定的法律意义。例如，在涉及不动产转让、股权转让等需要公示的场合，备案可能作为协议对外公示的一种方式，有助于增强协议的公信力，并可能在一定程度上对抗第三人。但这并不意味着未备案的协议就无效或无法对抗第三人，只是其对抗效力可能受到一定限制。

三、不备案可能带来的风险

1. 公示效力受限：未备案的三方协议可能难以被公众查询或了解，从而在一定程度上影响其公示效力。
2. 对抗第三人能力减弱：在涉及多方利益或复杂法律关系的场合，未备案的协议可能难以有效对抗第三人，如善意第三人可能基于对备案信息的信赖而进行交易。
3. 管理上的不便：备案有助于协议的管理和追踪，未备案可能导致在协议履行过程中出现管理上的不便或混乱。

四、建议

1. 尽量备案：为了增强协议的公示效力和对抗第三人的能力，建议各方在签订三方协议后，按照相关规定进行备案。
2. 完善协议内容：无论是否备案，都应确保协议内容明确、具体、完整，并符合法律、行政法规的强制性规定。
3. 保留证据：在协议履行过程中，应妥善保管与协议相关的所有证据，以备不时之需。

如果您在三方协议备案或公章使用方面遇到任何法律问题，欢迎直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。