结论：罚款未超过五千，但加上没收违法所得总额超过五千的情况，是否算重大案件不能一概而论，需结合具体案件性质、情节严重程度、社会影响以及相关法律法规和司法解释综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、从案件性质与情节严重程度角度
一般案件与重大案件的区分：
- 在刑事案件中，重大案件通常指的是犯罪性质恶劣、情节严重、社会影响大的案件。这不仅仅取决于涉案金额，还涉及犯罪手段、犯罪后果、犯罪主体的主观恶性等多个方面。
- 例如，如果案件涉及的是普通的经济违法行为，即使罚款和没收违法所得总额超过五千，但如果情节轻微，社会影响不大，可能并不构成重大案件。
- 反之，如果案件涉及的是严重的经济犯罪，如诈骗、贪污等，即使罚款未超过五千，但因犯罪手段恶劣、后果严重或社会影响大，仍可能被视为重大案件。
具体案例分析：
- 假设一个案件中，罚款为四千元，没收违法所得为二千元，总额为六千元。但如果该案件涉及的是一起小规模的商业欺诈，且未造成严重后果，那么该案件可能并不被视为重大案件。
- 另一个案例中，罚款同样为四千元，没收违法所得为二千元，但案件涉及的是一起大规模的贪污受贿案件，且造成了严重的社会影响，那么该案件很可能被视为重大案件。
二、从法律法规与司法解释角度
相关法律法规：
- 我国《刑法》及相关司法解释对重大案件有明确的规定，但这些规定通常涉及的是犯罪的性质、情节、后果等方面，而非单纯以涉案金额为标准。
- 例如，对于某些经济犯罪，如诈骗罪，刑法可能规定“数额较大”、“数额巨大”、“数额特别巨大”等不同的量刑档次，但这些档次的划分通常与具体的犯罪情节和后果相关，而非仅仅与涉案金额有关。
司法实践中的判断：
- 在司法实践中，法官在判断一个案件是否为重大案件时，会综合考虑案件的性质、情节、后果、社会影响以及被告人的主观恶性等多个因素。
- 因此，即使罚款和没收违法所得总额超过五千，但如果其他因素并不突出，该案件仍可能不被视为重大案件。
三、建议与后续行动
对于涉案人员：
- 如果您或您身边的人涉及此类案件，建议尽快咨询专业律师，以便更准确地了解案件的性质和可能面临的法律后果。
- 律师可以根据案件的具体情况，为您提供专业的法律意见和辩护策略。
对于一般公众：
- 了解法律法规和司法解释中关于重大案件的规定，有助于您更好地理解司法实践中的判断标准。
- 如果您对某个具体案件是否构成重大案件有疑问，也可以向我咨询，我会根据案件的具体情况为您提供专业的分析。
总结：罚款未超过五千，但加上没收违法所得总额超过五千的情况，是否算重大案件需结合具体案件性质、情节严重程度、社会影响以及相关法律法规和司法解释综合判断。如果您有具体的法律问题或案件需要咨询，请直接向我提问。