结论：自然人罚款和没收违法所得均不足一万，但加起来超过一万，是否构成重大行政处罚，需结合具体地方性法规或部门规章来判断，不能仅凭金额相加直接认定。以下为详细分析：
一、重大行政处罚的认定标准
重大行政处罚的认定，通常依据地方性法规或部门规章中的具体规定。这些规定会明确哪些情形属于重大行政处罚，包括但不限于罚款数额、没收违法所得数额、吊销许可证或执照、责令停产停业等。因此，仅凭罚款和没收违法所得的金额相加超过一万，并不能直接判断为重大行政处罚，还需参考当地的具体规定。
二、金额相加是否构成重大行政处罚的考量
地方性法规或部门规章的明确规定：
- 如果地方性法规或部门规章明确规定，罚款和没收违法所得的总额达到或超过一定数额（如一万、五万等）即构成重大行政处罚，那么在这种情况下，自然人的罚款和没收违法所得加起来超过一万，就可能构成重大行政处罚。
- 然而，如果地方性法规或部门规章并未将罚款和没收违法所得的总额作为判断重大行政处罚的标准，而是分别设定了罚款和没收违法所得的单独标准，那么仅凭总额超过一万，并不能直接认定为重大行政处罚。
行政处罚的种类和情节：
- 除了金额因素外，行政处罚的种类（如罚款、没收违法所得、吊销许可证等）和情节（如违法行为的性质、情节、社会危害程度等）也是判断是否构成重大行政处罚的重要因素。
- 因此，即使罚款和没收违法所得的总额超过一万，但如果违法行为情节轻微、社会危害程度较低，也可能不被认定为重大行政处罚。
三、实际操作中的建议
查阅地方性法规或部门规章：
- 在实际操作中，建议首先查阅当地的地方性法规或部门规章，了解重大行政处罚的具体认定标准。
咨询专业律师：
- 如果对地方性法规或部门规章的理解存在疑问，或者需要更具体的法律建议，建议咨询专业律师。作为专业律师，我可以根据您的具体情况，提供更详细、更准确的法律分析和建议。
注意行政处罚的合法性和合理性：
- 无论是否构成重大行政处罚，行政机关在作出行政处罚决定时，都必须遵循合法性和合理性的原则。如果认为行政处罚决定存在违法或不合理之处，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
总结来说，自然人罚款和没收违法所得均不足一万，但加起来超过一万，是否构成重大行政处罚，需结合具体地方性法规或部门规章来判断。如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。