结论：自然人独资企业中，原法定代表人即使仍是持股百分之百的股东，在特定情况下也应当与公司承担变更法定代表人的相关责任或义务，具体取决于公司章程、股东协议以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、公司章程与股东协议的角度
公司章程规定：公司章程是公司的“宪法”，它规定了公司的组织结构、管理方式、股东权利与义务等重要事项。如果公司章程中明确规定了法定代表人变更的条件、程序以及责任，那么原法定代表人（即使仍是股东）应当遵守这些规定，配合完成法定代表人的变更手续。
股东协议约定：在自然人独资企业中，虽然股东只有一人，但股东之间（在此情况下即股东与自己，但实际操作中可能涉及未来股权转让或继承等情形）仍可以签订股东协议，就公司运营中的特定事项进行约定。如果股东协议中有关法定代表人变更的条款，原法定代表人也需遵守。
二、法律法规的角度
《公司法》的相关规定：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司法定代表人由公司章程规定，并依法登记。公司法定代表人变更，应当办理变更登记。这意味着，无论原法定代表人是否仍是股东，只要公司决定变更法定代表人，原法定代表人都应当配合完成相关变更登记手续。
责任与义务：如果原法定代表人不履行变更登记义务，可能会面临行政处罚，如罚款等。同时，如果因未及时变更登记给公司或第三人造成损失的，原法定代表人还可能需承担相应的民事赔偿责任。
三、实际操作与风险防范
及时变更登记：为了避免不必要的法律风险和纠纷，一旦公司决定变更法定代表人，原法定代表人应当及时配合完成变更登记手续。这不仅是法律规定的义务，也是维护公司正常运营和股东权益的重要举措。
完善内部治理结构：对于自然人独资企业而言，虽然股东单一，但仍应建立健全的内部治理结构，包括制定完善的公司章程、股东协议等文件，明确各方的权利与义务，以防范潜在的法律风险。
建议：如果您作为自然人独资企业的原法定代表人，面临需要变更法定代表人的情况，建议您首先查阅公司章程和股东协议（如有）中关于法定代表人变更的相关规定，然后按照法律法规的要求及时配合完成变更登记手续。如果您在变更过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。