结论：针对协议离婚已登记但男方单独购买的宅基地未写入协议的情况，可分以下两种主要情形处理，一是宅基地及地上房屋属于男方个人财产，一般无需特别处理；二是若宅基地及地上房屋存在应认定为夫妻共同财产的情形，女方可通过协商或诉讼来主张权益。以下为详细分析：
宅基地及地上房屋属于男方个人财产的情形
- 法律依据与判断标准
根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，夫妻一方在婚姻关系存续期间所得的财产，为夫妻共同财产，但是遗嘱或者赠与合同中确定只归一方的财产，以及一方因受到人身损害获得的赔偿或者补偿等除外。对于宅基地，其取得往往与农村集体经济组织成员身份相关，具有特定的人身属性。如果男方在婚前就已取得宅基地使用权，且婚后未对该宅基地及地上房屋进行重大改建、扩建等使财产价值显著增加的行为，或者虽然婚后取得宅基地使用权，但能证明是基于其个人身份、个人出资等因素取得，并非基于夫妻共同的努力或投入，那么该宅基地及地上房屋通常会被认定为男方的个人财产。
- 处理方式
在这种情况下，由于宅基地及地上房屋本身就不属于夫妻共同财产，未写入离婚协议并不会对女方的权益产生实质性影响。女方无需对该宅基地及地上房屋主张权利，双方按照离婚协议的约定履行各自的权利义务即可。
宅基地及地上房屋存在应认定为夫妻共同财产的情形
- 法律依据与判断标准
如果男方在婚姻关系存续期间取得宅基地使用权，且该取得与夫妻双方的共同努力、投入有关，例如夫妻双方共同出资在宅基地上建造房屋，或者虽然以男方名义申请宅基地，但实际上是基于夫妻共同的生活需求和家庭规划等因素，那么该宅基地及地上房屋可能会被认定为夫妻共同财产。另外，如果婚后对婚前取得的宅基地上的房屋进行了重大改建、扩建等，且改建、扩建的资金来源于夫妻共同财产，那么改建、扩建部分的价值也可能会被认定为夫妻共同财产。
- 处理方式
- 协商解决：双方可以就宅基地及地上房屋的分割问题进行友好协商，达成一致意见后，可以签订补充协议，对未在原离婚协议中涉及的财产进行明确约定。补充协议的内容应包括财产的具体情况、分割方式、双方的权利义务等，以确保协议的合法性和有效性。
- 诉讼解决：如果双方无法通过协商达成一致意见，女方可以向人民法院提起诉讼，要求对宅基地及地上房屋进行分割。在诉讼过程中，女方需要提供相关证据证明该宅基地及地上房屋属于夫妻共同财产，例如出资证明、建造房屋的相关合同、证人证言等。法院会根据双方的证据和实际情况，依据相关法律法规进行判决。
建议：在实际操作中，由于宅基地及地上房屋的分割涉及到农村集体经济组织的相关规定和政策，情况较为复杂。如果你遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细、准确的法律建议。