公司规定差旅费用超过三个月没报就扣除一半，这一规定是否合法，需要分情况讨论：
若公司规章制度经过民主程序制定，且内容合法合理，同时员工知晓该制度：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。并且，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 如果公司的这一规定（差旅费用超过三个月没报就扣除一半）是经过上述民主程序制定，且内容不违反法律、行政法规及政策规定，同时公司已经通过合理方式（如员工手册、内部公告等）告知了员工，那么该规定在形式上和内容上都是合法的。但即便如此，这一规定是否合理，还需考虑其是否过分剥夺了员工的权益，以及是否与员工的工作性质、差旅频率等实际情况相匹配。如果规定过于严苛，可能因显失公平而在实际执行中引发争议。
若公司规章制度未经民主程序制定，或内容违法，或员工不知晓该制度：
- 如果公司的这一规定没有经过民主程序制定，或者内容违反了法律、行政法规及政策规定，或者公司没有以合理方式告知员工，那么该规定在法律上是无效的。员工有权拒绝执行这样的规定，并且如果公司因此扣除了员工的工资或费用，员工可以通过法律途径要求公司返还。
法律建议：
- 对于员工而言，如果公司有这样的规定，首先应当确认该规定是否经过了民主程序制定，内容是否合法合理，以及自己是否知晓该规定。如果对该规定有疑问或不满，可以向公司的人力资源部门或工会提出异议，要求公司进行解释或修改。
- 对于公司而言，在制定涉及员工切身利益的规章制度时，应当严格遵守法律程序，确保内容的合法性和合理性，并且以合理方式告知员工。同时，公司也应当考虑员工的实际情况和利益，避免制定过于严苛或显失公平的规定。
可能的法律后果：
- 如果公司违反法律规定制定规章制度，或者执行违法的规章制度，可能会面临劳动行政部门的处罚，如警告、罚款等。同时，员工也有权通过劳动争议仲裁或诉讼等法律途径维护自己的合法权益。
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