结论：政府采购合同双方盖章后，若发现甲方在合同中增设了未经乙方同意的其他条款，该合同的整体效力可能会受到影响，具体需分情况讨论。
分析说明：
合同变更需双方协商一致：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的变更应当遵循协商一致的原则。这意味着，任何一方未经对方同意，不得擅自变更合同内容。在政府采购合同中，这一原则同样适用。
- 若甲方在合同盖章后，未经乙方同意增设了其他条款，这构成了对原合同的擅自变更，违反了协商一致的原则。
增设条款的效力：
- 无效条款：对于甲方增设的未经乙方同意的条款，由于它们违反了协商一致的原则，因此这些条款在法律上可能是无效的。乙方有权拒绝履行这些无效条款，并可以要求甲方按照原合同的内容履行义务。
- 合同整体效力：虽然增设的条款可能无效，但并不意味着整个合同都无效。如果合同的其他部分仍然符合法律的规定，且双方已经盖章确认，那么合同的其他部分仍然可能是有效的。然而，如果增设的条款对合同的履行产生了重大影响，或者导致合同的目的无法实现，那么整个合同的效力可能会受到质疑。
可能的法律后果：
- 协商解决：在发现甲方增设了未经同意的条款后，双方可以首先尝试通过协商的方式解决争议。如果双方能够达成一致意见，可以签订补充协议来修正原合同中的错误或不当之处。
- 诉讼或仲裁：如果协商无果，乙方可以选择通过诉讼或仲裁的方式来解决争议。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构将会对合同的效力、增设条款的合法性以及双方的权利义务进行审查，并作出相应的裁决。
行动建议：
- 审查合同：首先，乙方应仔细审查合同，确认甲方增设的条款内容，并评估这些条款对合同履行的影响。
- 与甲方沟通：乙方应尽快与甲方进行沟通，表达对其擅自增设条款的不满，并要求甲方按照原合同的内容履行义务。
- 寻求法律帮助：如果双方无法达成一致意见，乙方可以寻求法律帮助，咨询专业律师的意见，并考虑通过诉讼或仲裁的方式来解决争议。
特殊场景：
- 如果增设的条款涉及合同的核心条款，如价格、履行期限、质量标准等，且这些条款的变更对乙方的权益产生了重大影响，那么乙方更有理由拒绝履行这些条款，并要求甲方承担相应的法律责任。
相关法规：
- 《中华人民共和国民法典》第五百四十三条：当事人协商一致，可以变更合同。
- 《中华人民共和国民法典》第五百四十四条：当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。
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