公司规定在卫生间（通常视为非吸烟区）抽烟并罚款的做法，通常是不合法的。以下是对这一问题的详细分析：

一、公司无行政处罚权

罚款本质上是一种行政处罚行为。根据《行政处罚法》的相关规定，只有具有行政处罚权的行政机关和法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织，在法定职权范围内才能实施行政处罚。公司作为普通的民事主体，并不具备行政处罚权，因此无权对员工进行罚款处罚。这一原则确保了法律体系的严谨性和公正性，防止非行政机构滥用处罚权力。

二、劳动法律法规的限制与规定

根据《劳动合同法》等劳动法律法规，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，如劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生等，应当经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。罚款这种直接扣减劳动者工资报酬的做法，并不符合法律规定。法律严格限制用人单位随意克扣劳动者工资，以保护劳动者的经济权益。

三、公司合法的管理方式

尽管公司不能通过罚款来管理员工在非吸烟区的吸烟行为，但可以采取其他合理、合法的方式进行管理。例如，公司可以给予警告、记过等纪律处分措施，或者在严重违反公司规章制度的情况下，考虑解除劳动合同。这些处理方式也需要在符合法律法规的前提下进行，并确保程序合规，充分尊重并保障员工的合法权益。

四、经济损失的赔偿

如果员工在非吸烟区吸烟的行为给公司造成了实际经济损失，公司可以依据相关民事法律规定和劳动合同要求员工进行赔偿。但赔偿数额应仅限于补偿公司因员工吸烟行为所遭受的实际损失，并且公司需要提供充分的证据证明损失的存在以及损失与员工吸烟行为之间的因果关系。这与罚款性质截然不同，罚款是惩罚性的，而赔偿则是补偿性的。

五、员工的法律救济途径

如果员工对公司的处理决定不服，认为公司的行为侵犯了自己的合法权益，可以依法提起劳动仲裁或诉讼来维护自己的权益。这为员工提供了法律上的救济途径，确保了劳动关系的和谐稳定。

总结：公司规定在卫生间抽烟并罚款的做法通常是不合法的。公司应当通过合法、合理的方式管理员工行为，如给予警告、记过等纪律处分，或在造成经济损失时要求赔偿。同时，员工也应当遵守公司的规章制度和法律法规，共同维护良好的工作环境和秩序。如果员工对公司的处理决定有异议，可以依法寻求法律救济。