政府一般不能直接就征收补偿协议本身提起诉讼，但若政府认为被征收人未履行协议义务，政府可以作为原告提起行政诉讼或民事诉讼（视协议性质及具体情况而定）；同时，被征收人若对协议有异议，也有权提起诉讼。以下是对此问题的详细分析：
一、政府作为原告提起诉讼的情况
行政诉讼：
- 情形：当政府认为被征收人未按照征收补偿协议的约定履行义务，如拒绝搬迁、未按时领取补偿款等，且该协议属于行政协议范畴时，政府可以作为原告，依据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，向人民法院提起行政诉讼，要求被征收人履行协议义务或承担违约责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第十二条第十一项，人民法院受理公民、法人或者其他组织认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议的诉讼。虽然此条款主要从被征收人角度出发，但反向理解，若行政机关认为被征收人未履行协议，同样可以提起诉讼。
民事诉讼：
- 情形：在某些特殊情况下，如果征收补偿协议被认定为民事合同（尽管这种情况较为少见，因为征收补偿协议通常具有行政性），且政府认为被征收人违反了合同约定，政府也可以作为原告，依据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院提起民事诉讼。
- 法律依据：虽然直接的法律条款可能并未明确提及政府作为原告提起民事诉讼的情况，但根据《中华人民共和国民法典》中关于合同违约责任的规定，任何一方当事人均有权要求对方履行合同义务或承担违约责任。
二、被征收人提起诉讼的情况
对补偿标准有异议：
- 情形：如果被征收人对政府或相关部门制定的补偿标准不满意，认为其未能合理反映房屋的实际价值或市场价值，可以通过法律途径提出异议。
- 法律依据：同样依据《中华人民共和国行政诉讼法》第十二条第五项，对征收、征用决定及其补偿决定不服的，可以提起诉讼。
协议内容存在争议：
- 情形：如果征收补偿协议内容存在模糊不清、显失公平或违反法律法规的情况，被征收人有权要求修改或撤销协议。
- 法律依据：这同样涉及到行政协议的合法性和合理性问题，可以依据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定提起诉讼。
行政机关未履行法定职责：
- 情形：如果行政机关在拆迁补偿过程中未按照法定程序进行，如未依法公告、未听取被征收人的意见等，被征收人可以提起行政诉讼，要求行政机关履行法定职责。
- 法律依据：依据《中华人民共和国行政诉讼法》第十二条第六项，申请行政机关履行保护人身权、财产权等合法权益的法定职责，行政机关拒绝履行或者不予答复的，可以提起诉讼。
三、建议与注意事项
了解法律法规：
- 在涉及征收补偿协议的问题上，无论是政府还是被征收人，都应充分了解相关的法律法规和政策规定，以便更好地维护自己的合法权益。
保留证据：
- 双方都应妥善保留与征收补偿相关的所有证据材料，如拆迁通知、评估报告、补偿协议等，以备不时之需。
及时行动：
- 如果认为自己的权益受到侵害，应及时采取行动，避免超过诉讼时效。一般来说，行政诉讼的起诉期限为知道或应当知道行政行为之日起六个月内。
寻求专业帮助：
- 在处理复杂的征收补偿协议纠纷时，建议寻求专业律师的帮助和指导，以确保自己的权益得到充分保障。
综上所述，政府一般不能直接就征收补偿协议本身提起诉讼，但在特定情况下可以作为原告提起行政诉讼或民事诉讼。同时，被征收人若对协议有异议或认为行政机关未履行法定职责，也有权提起诉讼。在处理此类纠纷时，双方都应充分了解法律法规、保留证据、及时行动，并寻求专业帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。