结论：再审申请法院认为超期未裁定驳回，而是书面告知退回申请材料，该程序是否违反《民事诉讼法》，需结合具体情况判断，一般情况下，若法院未在法定期限内作出裁定，而是直接退回材料，可能存在程序瑕疵，但不一定直接构成违法。以下从不同角度进行分析：
一、再审申请的法定处理期限
根据《民事诉讼法》及相关司法解释，再审申请的处理有明确的期限规定。法院在收到再审申请后，应当在一定期限内进行审查，并作出是否受理的裁定。若法院未在法定期限内作出裁定，而是直接退回申请材料，这可能违反了法定的处理程序。
二、退回申请材料的合法性分析
程序瑕疵与违法性的区分：
- 程序瑕疵：指程序上的不规范或不完全符合法定要求，但不一定直接导致程序违法。例如，法院未在法定期限内作出裁定，但后续进行了补正或说明，可能仅构成程序瑕疵。
- 程序违法：指程序上的行为直接违反了法律、法规或司法解释的规定，且无法补正或说明。若法院直接退回申请材料，且未给出任何理由或说明，可能构成程序违法。
退回材料的可能原因：
- 申请材料不齐全或不符合要求：若再审申请材料不齐全或不符合法院的要求，法院可能会要求申请人补充材料或直接退回。但在此情况下，法院应当明确告知申请人需要补充的材料或不符合要求的具体内容。
- 法院内部处理流程问题：有时，由于法院内部处理流程的问题，如案件积压、人员不足等，可能导致法院未能及时处理再审申请。但这种情况并不构成程序违法的理由，法院仍应尽力在法定期限内作出处理。
三、申请人的救济途径
若申请人认为法院退回申请材料的行为违反了《民事诉讼法》的规定，可以采取以下救济途径：
向上级法院申诉：
- 申请人可以向上一级法院提出申诉，要求上级法院对下级法院的处理行为进行监督和纠正。
申请检察监督：
- 根据《民事诉讼法》的相关规定，申请人还可以向人民检察院申请检察监督，要求人民检察院对法院的处理行为进行法律监督。
四、建议与注意事项
保留证据：
- 申请人在收到法院退回的申请材料时，应妥善保留相关证据，如退回材料的清单、法院的书面告知等，以便在后续申诉或申请检察监督时提供证明。
及时咨询专业律师：
- 由于再审申请涉及复杂的法律程序和实体问题，申请人应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的救济途径。
关注法院的处理进展：
- 申请人应密切关注法院对再审申请的处理进展，及时与法院沟通，了解案件的处理情况，并在必要时采取进一步的法律行动。
有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，为你提供更详细的法律分析和建议。