再审申请书提交3个月法院未回复，并不直接等同于程序违法，但可能涉及程序瑕疵或超期处理问题，需结合具体情况分析。以下从不同角度详细阐述：

1. 法律规定的审查期限

• 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百一十一条规定，人民法院应当自收到再审申请书之日起三个月内审查，符合本法规定的，裁定再审；不符合本法规定的，裁定驳回申请。有特殊情况需要延长的，由本院院长批准。
• 关键点：法律设定了三个月的审查期限，但允许在特殊情况下延长。若法院未在三个月内作出裁定，且未说明延长理由，则可能构成程序瑕疵。

2. 程序违法与程序瑕疵的区分

• 程序违法：指法院在审理过程中违反法定程序，严重侵害当事人诉讼权利，可能导致判决、裁定被撤销或改判。例如，未依法组成合议庭、未保障当事人陈述权等。
• 程序瑕疵：指程序上的轻微违规，未达到违法程度，通常不影响案件实体处理结果。例如，超期送达文书、未在法定期限内作出裁定等。
• 本案分析：若法院未在三个月内回复且未说明延长理由，更倾向于程序瑕疵，而非直接违法。但若因超期导致当事人权利受损（如错过上诉期限），则可能构成违法。

3. 当事人可采取的救济措施

• 催告法院：当事人可向法院提交书面催告函，要求法院说明审查进度或作出裁定。
• 申请上级法院监督：若法院长期未回复，当事人可向上一级人民法院申请监督，要求其责令下级法院限期处理。
• 提起诉讼：在极端情况下，若法院超期不作为导致当事人权利无法实现，可考虑通过行政诉讼或国家赔偿诉讼寻求救济（但需满足特定条件）。

4. 实务中的常见原因

• 案件复杂：再审案件通常涉及重大法律争议或事实认定困难，法院可能需要更长时间审查。
• 程序衔接问题：如法院内部流转不畅、承办人更换等，可能导致处理延迟。
• 未依法延长：法院可能未按规定报请院长批准延长审查期限，导致程序瑕疵。

5. 建议与风险提示

• 建议：
  1. 及时与法院沟通，了解审查进度及原因。
  2. 保留提交再审申请书的证据（如邮寄凭证、签收记录等）。
  3. 若法院超期未回复，可依法申请上级法院监督。
• 风险：若因超期导致再审申请被驳回，当事人可能失去通过再审纠正错误判决的机会。因此，需积极主张权利，避免被动等待。

总结：再审申请书提交3个月法院未回复，不直接构成程序违法，但可能涉及程序瑕疵。当事人应结合具体情况，通过催告、申请监督等方式维护自身权利。如有进一步疑问或需具体法律帮助，可直接向我咨询。