针对您提出的“有承包合同的土地怎么确权”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、理解土地确权与土地承包合同的关系
土地确权是基于土地承包合同的法定程序，它旨在确认和登记土地承包经营权。土地承包合同是确立双方权利和义务的法律文件，明确了承包方式、期限、面积、费用等关键条款，是土地承包经营权设立的前提。而土地确权则是对这一权利的进一步法律确认和公示，确保承包方的权益得到有效保护。
二、土地确权的具体流程
前期准备：
- 成立组织：各级政府应成立土地承包经营权确权登记颁证工作领导小组，村集体也需配合成立工作小组。
- 宣传动员：通过多种渠道广泛宣传确权的意义、政策、程序，提高农民的参与度和认知度。
- 收集资料：全面收集二轮土地承包台账、土地承包合同、土地承包经营权证等相关文件，并核对农户的身份证、户口本等个人信息。
申请与初步审核：
- 提出申请：由村集体经济组织或村民委员会作为申请主体，向县级或乡级国土资源部门提出书面的确权申请。
- 初步审核与勘测：土地管理部门对提交的资料进行初步审核，并组织专业人员进行实地勘测，查清土地的实际面积、位置、四至等信息。
调查摸底与测量制图：
- 查清承包土地现状：以村为单位，详细调查核实农户承包土地的地块、面积、四至、空间位置等信息，绘制承包土地地籍草图。
- 选择合适的测量方法：根据当地实际情况，选择实测法或航测法等合适方法进行测量。
- 绘制并审核地籍图：基于测量结果，绘制详细的承包土地地籍图，并经过严格审核。
审核公示与签订合同：
- 审核信息：对调查摸底、测量制图等环节形成的所有信息进行全面审核。
- 公示审核结果：将审核结果在村内进行公示，公示期不少于7天，对农户提出的异议及时核实处理。
- 签订承包合同：公示无异议后，与承包方签订正式的土地承包合同，明确双方的权利和义务。
登记颁证与归档管理：
- 申请登记：农户向乡（镇）人民政府提出土地承包经营权登记申请，并提交相关材料。
- 审核登记与颁发证书：乡（镇）人民政府及县级人民政府农业农村主管部门对申请材料进行逐级审核，符合登记条件的，核发土地承包经营权证。
- 归档备案：整理确权过程中形成的所有文件、资料、图表等，建立健全档案管理制度。
三、特殊情况下的土地确权
即使未签订书面承包合同，若承包方实际取得了土地承包经营权并长期耕种管理，且符合法定条件（如经过集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意，并报乡（镇）人民政府批准等），仍可通过一定程序进行确权。但这种情况较为特殊，具体操作需根据当地政策和实际情况进行。
四、注意事项
- 在整个确权过程中，务必确保所提供信息的真实性和有效性。
- 积极配合相关部门的工作，及时关注确权进度。
- 如有任何疑问或遇到问题，应及时咨询专业的法律人士或相关部门工作人员，以确保自身权益得到妥善保护。
综上所述，有承包合同的土地确权是一个严谨而复杂的流程，需要各级政府、村集体和农户的共同努力和配合。通过这一流程，可以有效保障农民的土地承包经营权，促进农村经济的稳定和发展。