结论：新车发票开13%增值税，而未直接开具购置税，这种做法本身是合法的，但需明确增值税与购置税是两种不同的税种，分别由不同的法律规范调整，且发票开具需符合税法规定。以下从税种性质、发票开具要求、实务操作要点三个角度详细说明：

1. 增值税与购置税是两种不同的税种，法律性质不同

根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及《中华人民共和国车辆购置税法》，增值税是对销售货物、提供劳务等增值部分征收的流转税，而车辆购置税是对购买应税车辆征收的行为税。

• 增值税：由销售方（如4S店）在销售车辆时向购买方收取，并开具增值税专用发票或普通发票，税率通常为13%（针对汽车等货物）。
  
• 购置税：由购买方在办理车辆登记前向税务机关申报缴纳，税率为10%（以车辆购置价为基础计算），由税务机关出具完税证明，不会体现在销售发票上。
  因此，新车发票仅开具13%增值税而未体现购置税，是符合税法规定的，因为两者分属不同环节、不同主体缴纳。

2. 发票开具需符合税法规定，避免虚开风险

根据《中华人民共和国发票管理办法》，销售方开具发票必须如实反映交易内容，包括货物名称、规格、数量、单价及税率等。

• 合法情形：若4S店销售车辆时，发票上明确标注“机动车”、税率13%，且金额与实际交易价一致，则属于合法开具增值税发票。
  
• 违法风险：若销售方通过“低开高售”（如发票金额低于实际售价）或虚构交易（如虚开发票）逃避增值税，则可能涉嫌偷税漏税，需承担行政责任甚至刑事责任。
  提示：购买方需核对发票金额与实际支付金额是否一致，避免因销售方违规操作导致自身权益受损（如无法正常上牌、保修等）。

3. 购置税的缴纳与发票无关，需单独办理

车辆购置税的缴纳流程为：

1. 购买方凭购车发票、合格证等材料向税务机关申报；
   
2. 税务机关核定计税价格（通常为发票价÷1.13，剔除增值税部分）；
   
3. 购买方按10%税率缴纳购置税，取得完税证明后办理车辆登记。
   关键点：购置税的计税依据是“不含增值税的购车价”，因此发票上的13%增值税不会影响购置税的计算，但发票金额需真实反映交易价，否则可能影响计税准确性。

实务建议

1. 购买方：核对发票金额与合同、付款记录是否一致，保留完税证明及发票作为维权依据；
   
2. 销售方：严格按实际交易金额开具发票，避免虚开或低开，否则可能面临税务处罚；
   
3. 争议处理：若因发票问题导致无法上牌或产生额外税费，可要求销售方补开或更正发票，或向税务机关举报违规行为。
   

如有进一步疑问（如发票纠纷、税务筹划等），可直接向我咨询。