垫资合同中约定千分之一的利息是否合法，需分情况讨论，具体如下：
一、若该利息为日利率
合法性分析：
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷的利率上限为一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。以当前常见的LPR利率水平（假设为3.45%）为例，其四倍约为13.8%（年利率）。
- 若垫资合同中约定的千分之一利息为日利率，则年利率高达36.5%（0.1%×365），这明显超过了LPR的四倍，因此，在此情况下，该利息约定是不合法的。
法律后果：
- 若利息约定超过法定上限，超出部分的利息将不被法律保护，借款人有权拒绝支付超出部分的利息。
- 出借人若强行要求支付超出部分的利息，可能面临法律制裁，包括但不限于被要求返还已收取的超额利息、承担诉讼费用等。
二、若该利息为月利率
合法性分析：
- 同样以LPR四倍为标准（假设为13.8%年利率），若垫资合同中约定的千分之一利息为月利率，则年利率为12%（0.1%×12），这低于LPR的四倍，因此，在此情况下，该利息约定是合法的。
法律后果：
- 在利息约定合法的情况下，借款人需按照合同约定支付利息，出借人有权要求借款人履行支付义务。
- 若借款人未按约定支付利息，出借人可通过法律途径追讨，包括但不限于提起诉讼、申请强制执行等。
三、特殊情况考虑
- 合同性质：垫资合同可能涉及多种法律关系，如借贷关系、委托关系等。不同法律关系下的利息约定可能受到不同法律规范的调整。因此，在判断利息合法性时，需首先明确合同性质。
- 当事人约定：若当事人之间有特别约定，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，则应尊重当事人之间的约定。但特别约定不得违反公序良俗或损害国家、集体、第三人的利益。
- 实际履行情况：在判断利息合法性时，还需考虑合同的实际履行情况。如出借人是否实际提供了垫资服务、借款人是否实际使用了资金等。这些因素可能影响利息约定的合法性和有效性。
总结与建议：垫资合同中约定千分之一的利息是否合法，取决于该利息是日利率还是月利率，以及是否超过了LPR的四倍。在签订垫资合同时，建议双方明确利息的计算方式和标准，并确保该约定符合法律法规的规定。若对利息合法性存在疑问或争议，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见。