被告公司应将法院直接打给原告的款项，在账务上记录为“债务清偿支出”或类似科目，并附上相关法律文书作为凭证。具体做账方式及注意事项如下：

1. 做账科目选择：

   • 被告公司需根据款项性质，选择合适的会计科目进行记录。通常情况下，这笔款项应记录为“债务清偿支出”或“其他应付款-法院划转”等科目，以反映公司因债务纠纷而产生的实际支出。
   • 如果该笔款项原本已计提为负债（如“应付账款”或“其他应付款”），则在支付时，应冲减相应的负债科目，并同时记录支付行为。

2. 凭证准备与保存：

   • 被告公司在做账时，必须附上法院出具的相关法律文书作为凭证，如判决书、裁定书、执行通知书等。这些文书是证明款项支付合法性和必要性的重要依据。
   • 同时，被告公司还应保存好银行转账凭证，以证明款项确实已从公司账户划出并支付给原告。

3. 税务处理：

   • 被告公司在支付该笔款项时，需关注税务方面的处理。如果该笔款项涉及税费（如利息、违约金等可能产生的税费），被告公司应按照税法规定进行申报和缴纳。
   • 被告公司还应咨询专业税务人员或机构，以确保税务处理的合规性，避免因税务问题而引发新的法律风险。

4. 内部审批与记录：

   • 被告公司在支付该笔款项前，应按照公司内部财务管理制度进行审批，确保支付行为的合法性和合规性。
   • 支付完成后，被告公司应及时更新财务记录，确保账务信息的准确性和完整性。

5. 法律合规性审查：

   • 被告公司在处理此类账务时，还应进行法律合规性审查，确保所有操作均符合相关法律法规和监管要求。
   • 如果被告公司对账务处理存在疑问或不确定之处，应及时咨询专业律师或会计师，以避免因操作不当而引发的法律风险。