关于“机关单位的保密工作主体责任由谁承担”的问题，我们可以明确以下结论：

机关单位的保密工作主体责任由各单位各部门承担，主要负责人作为第一责任人，对保密工作全面负责。

接下来，我将从以下几个方面对这一问题进行详细阐述：

1. 责任主体的明确：

   • 各单位各部门是保密工作的直接责任主体，它们需要全面负责本单位、本部门的保密工作，确保所有保密制度、措施和规定得到有效执行。
   • 主要负责人，通常是单位的一把手，作为保密工作的第一责任人，需对保密工作负总责，包括组织贯彻落实相关保密政策、法律法规，并将保密工作纳入重要议事日程。

2. 领导班子的责任：

   • 领导班子其他成员对分管工作范围内的保密工作负重要领导责任。他们需要将保密要求融入业务工作，加强对分管部门、人员的保密教育、管理和监督。

3. 全体人员的义务：

   • 全体工作人员都应严格遵守保密规章制度，履行保密义务，防止失泄密事件发生。保密工作不仅仅是领导的责任，更是每一个员工的共同责任。

4. 保密工作的具体要求：

   • 各单位各部门需要建立健全保密管理制度，明确保密工作的具体要求、流程和责任分工。
   • 加强保密宣传教育，提高全体员工的保密意识和能力。
   • 切实落实保密措施，如加密通信、文件保管、涉密人员管理、网络安全防护等。
   • 定期开展保密检查与监督，及时发现并纠正存在的问题。

5. 法律责任：

   • 对于违反保密规定的行为，各单位各部门应依法依规进行严肃处理，追究相关人员的责任。这既是对违规行为的惩戒，也是对全体员工的一种警示和教育。

综上所述，机关单位的保密工作主体责任明确由各单位各部门承担，主要负责人作为第一责任人需全面负责。同时，领导班子其他成员和全体工作人员也都有相应的保密责任和义务。通过建立健全的保密管理制度、加强宣传教育、切实落实保密措施以及开展检查与监督等方式，可以确保保密工作的有效开展和秘密信息的安全。