工程部扣除质保金是否合理，需根据具体情况及合同约定、相关法律法规综合判断。以下从多个角度进行分析：

一、合同约定角度

1. 合同明确约定：如果工程承包合同中明确约定了质保金的扣除条件、比例、方式等，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么工程部在符合合同约定的情况下扣除质保金是合理的。例如，合同中约定“若工程在质保期内出现质量问题，且承包人未在规定时间内进行维修，发包人有权扣除质保金以支付维修费用”，在此情况下，若工程确实出现质量问题且承包人未履行维修义务，工程部扣除质保金即符合合同约定。

2. 合同未明确约定或约定不明：如果合同中未明确约定质保金的扣除条件或约定不明，那么工程部扣除质保金可能缺乏合同依据，此时需要依据相关法律法规进行判断。

二、法律法规角度

1. 《中华人民共和国民法典》相关规定：

   • 根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。若承包人未履行工程质量保修义务，发包人有权扣除质保金作为违约赔偿。
   • 根据《民法典》第五百一十一条，当事人就有关合同内容约定不明确，依据前条规定仍不能确定的，适用下列规定：质量要求不明确的，按照强制性国家标准履行；没有强制性国家标准的，按照推荐性国家标准履行；没有推荐性国家标准的，按照行业标准履行；没有国家标准、行业标准的，按照通常标准或者符合合同目的的特定标准履行。这为质保金扣除提供了质量评判基准。

2. 《建设工程质量保证金管理办法》相关规定：

   • 根据《建设工程质量保证金管理办法》第二条，质保金是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。
   • 根据《建设工程质量保证金管理办法》第九条，缺陷责任期内，由承包人原因造成的缺陷，承包人应负责维修，并承担鉴定及维修费用。如承包人不维修也不承担费用，发包人可按合同约定从保证金或银行保函中扣除，费用超出保证金额的，发包人可按合同约定向承包人进行索赔。这为工程部扣除质保金提供了明确的法律依据。

三、实际操作角度

1. 质量问题认定：工程部在扣除质保金前，应组织专业团队对工程质量问题进行鉴定，出具详细报告，明确问题性质、范围及责任归属。若质量问题确实由承包人造成，且承包人未履行维修义务，工程部扣除质保金即具有合理性。

2. 通知与反馈：工程部在扣除质保金前，应书面通知承包人质量问题及维修要求，包括维修内容、期限等。承包人应在规定时间内回复是否承担维修责任，并按要求进行维修或提出异议。若承包人拒绝或未按时维修，工程部扣除质保金即符合程序要求。

3. 扣除金额限制：扣除金额应与修复缺陷或解决质量问题所需的实际费用相当，且不得超过质保金的总额。若维修费用超出质保金金额，工程部有权要求承包人另行支付超出部分。

四、特殊情况处理

1. 预留比例限制：根据《建设工程质量保证金管理办法》，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%，且银行保函替代保证金时同样适用此比例。若工程部扣除的质保金超过此比例，则可能构成不合理扣除。

2. 避免重复预留：工程项目竣工前已缴纳履约保证金的，发包人不得同时预留工程质量保证金。若工程部在已收取履约保证金的情况下又扣除质保金，则可能构成重复预留，属于不合理行为。

总结与建议：工程部扣除质保金是否合理，需根据合同约定、相关法律法规及实际操作情况综合判断。为确保公平合理地处理质保金扣除事宜，建议各方在签订合同时就明确相关条款和细节，并严格遵守合同约定和法律规定。若在实际操作中遇到复杂或争议性问题，可直接向我咨询，以确保合规处理。