在借款合同官司中，若法院将款项直接打给原告，被告公司应按照以下方式做账：

1. 确认款项性质与金额：

   • 被告公司首先需要确认法院划转的款项性质，即该款项是归还借款本金、利息、违约金还是其他费用。
   • 同时，核对法院划转的金额是否与判决书或调解书中确定的金额一致，确保账务处理的准确性。

2. 账务处理流程：

   • 若款项为归还借款本金：
     • 被告公司应减少相应的“长期借款”或“短期借款”科目余额，同时增加“银行存款”科目余额。
     • 账务处理示例：借记“银行存款”，贷记“长期借款/短期借款”。
   • 若款项包含利息或违约金：
     • 被告公司应将利息或违约金部分计入“财务费用”科目（若为利息支出）或“营业外支出”科目（若为违约金），同时增加“银行存款”科目余额。
     • 账务处理示例（以利息为例）：借记“银行存款”，贷记“财务费用-利息支出”。
   • 若款项为部分偿还：
     • 被告公司需根据判决书或调解书的要求，按比例分配偿还的本金、利息等，并分别进行账务处理。

3. 税务处理：

   • 被告公司需关注款项支付可能涉及的税务问题，如利息支出是否可税前扣除、违约金是否需缴纳企业所得税等。
   • 根据税法规定，合理进行税务申报和缴纳，避免税务风险。

4. 内部审批与记录：

   • 被告公司在进行账务处理前，应确保有完善的内部审批流程，确保账务处理的合规性。
   • 同时，保留好法院判决书、调解书、划款凭证等相关文件，作为账务处理的依据和备查资料。

5. 后续跟进与沟通：

   • 若被告公司对法院的划款有异议或疑问，应及时与法院沟通，了解具体情况。
   • 若涉及与原告的后续协商或和解，被告公司应确保账务处理与协商结果一致，避免产生新的纠纷。

温馨提示：账务处理需严格遵守相关法律法规和会计准则，确保账务处理的准确性和合规性。如有任何疑问或不确定之处，建议直接向我咨询，我将为您提供专业的法律意见和账务处理建议。