结论前置：以租代购还清后是否需要付挂靠费，需根据合同约定及实际情况判断，具体如下：

1. 合同有明确约定挂靠费条款
   若双方签订的《以租代购合同》或补充协议中明确约定，在租赁期满、购车款付清后，承租人仍需支付挂靠费（如车辆挂靠公司运营期间的费用），则该约定具有法律效力。此时，您需按合同履行支付义务，否则可能构成违约。
   法律依据：根据《民法典》第465条，依法成立的合同受法律保护，当事人应按约定履行义务。

2. 合同未约定挂靠费，但存在事实挂靠关系
   若合同未提及挂靠费，但车辆实际挂靠在某公司名下运营（如物流公司、网约车平台），且挂靠公司以行业惯例或服务成本为由要求支付费用，需分情况处理：

   • 若挂靠关系基于双方另行协商：例如签订《挂靠协议》明确费用标准，则需按协议履行；
     
   • 若挂靠公司单方面要求付费：需审查其收费是否合理（如是否提供对应服务、费用是否显著高于市场价）。若收费缺乏依据，您有权拒绝支付，并可通过协商或诉讼解决争议。

3. 合同未约定且无事实挂靠需求
   若车辆已过户至您名下，或挂靠公司未提供实际服务（如仅名义挂靠），则要求支付挂靠费可能缺乏合理性。此时可主张：

   • 挂靠公司未履行合同义务（如未提供管理、维护等服务），无权收费；
     
   • 若对方强行收费，可向市场监管部门投诉或通过诉讼确认合同条款无效。

建议行动：

• 第一步：仔细审查《以租代购合同》及所有补充协议，确认是否有挂靠费相关条款；
  
• 第二步：若合同无约定，与挂靠公司沟通，要求其提供收费依据（如服务清单、行业收费标准）；
  
• 第三步：若协商无果，可咨询律师评估合同效力及收费合理性，必要时通过法律途径解决。
  

如有进一步疑问或需具体分析合同条款，可直接向我提问。