结论前置：在两人公司中，法定代表人支付了公司的工资款，仅凭这一行为本身，法院通常不会直接认定股东与公司人格混同。但若该行为与其他因素结合，导致公司与股东在财产、业务、人员等方面出现严重混同，法院则可能支持对方关于股东与公司人格混同的主张。

详细分析：

1. 财产混同方面：

   • 法定代表人支付公司工资款，若该款项来源于公司账户，且支付行为符合公司财务制度，通常不构成财产混同。因为这是公司正常运营中的资金流动。
   • 但若法定代表人长期使用个人账户支付公司工资，且公司财务记录混乱，无法区分公司财产与股东个人财产，则可能构成财产混同。此时，法院会考虑这一行为是否导致公司财产独立性丧失，进而认定股东与公司人格混同。

2. 业务混同方面：

   • 法定代表人支付工资款的行为本身，并不直接涉及业务混同。业务混同主要关注公司与股东在业务范围、交易行为等方面的重合度。
   • 然而，若法定代表人利用支付工资款的机会，干预公司业务决策，或使公司业务与股东个人业务高度重合，则可能构成业务混同。这种情况下，法院会综合考量业务混同的程度，以及是否导致公司失去独立法人资格。

3. 人事混同方面：

   • 法定代表人支付工资款，若该行为仅涉及公司员工的薪酬发放，且符合公司人事管理制度，则不构成人事混同。
   • 但若法定代表人同时担任股东个人或关联企业的高级管理人员，且公司员工与股东个人或关联企业员工大量重合，劳动报酬支付和工作安排缺乏明确区分，则可能构成人事混同。此时，法院会考虑人事混同是否导致公司失去独立意思机构，进而认定股东与公司人格混同。

4. 其他综合因素：

   • 除了财产、业务、人事混同外，法院还会考虑其他可能影响公司独立性的因素，如财务核算不规范、利益输送等。
   • 若法定代表人支付工资款的行为，与其他上述因素结合，共同导致公司与股东在多个方面出现严重混同，法院则可能支持对方关于股东与公司人格混同的主张。

法律建议：

• 对于公司而言，应建立健全的财务制度、人事管理制度和业务管理制度，确保公司财产、业务、人员与股东个人或关联企业严格区分。
• 法定代表人应严格遵守公司章程和法律法规，不得利用职务之便干预公司正常运营或损害公司利益。
• 若对方已提起诉讼，主张股东与公司人格混同，公司应积极应诉，提供充分证据证明公司财产、业务、人员的独立性，以维护公司合法权益。

可能法律后果：

• 若法院最终认定股东与公司人格混同，则股东需对公司债务承担连带责任。这意味着股东的个人财产可能被用于偿还公司债务，对股东个人造成重大经济损失。
• 因此，公司和股东应高度重视人格混同问题，采取有效措施避免潜在的法律风险。

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