在交通事故中，若被告被保险人公司已注销，应当根据具体情况起诉相关责任主体，具体分析如下：

1. 起诉注销公司的股东或清算责任人
   根据《公司法》及相关司法解释，公司注销后，其民事主体资格消灭，但若注销程序存在瑕疵（如未依法清算、清算报告虚假等），股东或清算责任人可能需承担赔偿责任。例如：

   • 若公司未经合法清算即注销，债权人可起诉股东要求其在注销前公司剩余财产范围内承担责任；
     
   • 若清算义务人（如董事、控股股东）因故意或重大过失导致债权人损失，需承担连带赔偿责任。
     需注意：需调取公司注销时的清算报告、股东会决议等材料，证明注销程序违法或清算义务人未履责。

2. 起诉实际侵权人（如驾驶员）
   若交通事故责任主体为驾驶员个人（如非职务行为），且公司注销不影响驾驶员个人责任的承担，可直接起诉驾驶员要求赔偿。例如：

   • 驾驶员因个人过失导致事故，且无证据证明其行为属于职务行为；
     
   • 公司注销后，驾驶员未转移债务或未通过保险覆盖赔偿。
     需注意：需收集事故认定书、驾驶员过错证据等材料。

3. 起诉保险公司（若保险关系仍有效）
   若公司注销前已为车辆投保交强险或商业险，且保险期间未届满，可依据《保险法》直接起诉保险公司要求理赔。例如：

   • 交强险范围内，保险公司需无条件赔付；
     
   • 商业险范围内，若符合合同约定（如驾驶员无酒驾、逃逸等免责情形），保险公司需承担赔偿责任。
     需注意：需提供保险单、事故认定书等证据，证明保险关系及事故属于保险范围。

4. 起诉关联公司或权利义务承继者
   若公司注销后，其权利义务由其他主体承继（如合并、分立后的公司），可起诉承继主体要求赔偿。例如：

   • 公司注销前与另一公司合并，新公司需承担原公司债务；
     
   • 公司注销后，股东将资产转移至新公司，新公司可能需在受益范围内承担责任。
     需注意：需调取工商档案、资产转移协议等证据，证明权利义务承继关系。

行动建议：

1. 立即调取公司注销时的工商档案，确认注销原因、清算程序及股东信息；
   
2. 收集事故认定书、保险单、驾驶员过错证据等材料，明确责任主体；
   
3. 根据证据情况，选择起诉股东、驾驶员、保险公司或关联公司；
   
4. 若涉及复杂程序（如清算责任纠纷），建议委托律师协助调查取证及诉讼。
   

温馨提示：法律程序具有时效性，交通事故赔偿诉讼时效为3年，自知道或应当知道权利受损之日起计算，建议尽快处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询。