事业单位员工病假超过两年的处理方式，需根据具体情况及单位规章制度、相关法律法规综合判断，以下分情况说明：

1. 单位规章制度有明确规定

   • 若单位规章制度中明确规定了病假的最长期限，且超过该期限后单位有权解除劳动合同或采取其他处理措施：在此情况下，若员工病假确实超过两年，单位有权依据规章制度进行处理。但需注意，单位规章制度必须合法合规，且已向员工公示或告知，否则可能因程序瑕疵而无效。
   • 建议：员工应仔细查阅单位规章制度，了解病假的相关规定。若单位拟依据规章制度进行处理，员工有权要求单位出示相关规章制度，并确认其合法性及公示情况。

2. 单位规章制度无明确规定，但符合法律法规

   • 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》等相关法律法规，医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。医疗期的长度根据员工实际工作年限和在本单位工作年限确定，一般为3个月到24个月不等。若员工病假超过医疗期，单位在符合一定条件下（如支付经济补偿金等）有权解除劳动合同。
   • 但需注意：事业单位员工与普通企业员工在劳动法律法规适用上可能存在差异，具体需参照事业单位人事管理相关法律法规及政策。若事业单位员工病假超过两年，且未超出医疗期（若适用），单位一般无权直接解除劳动合同。
   • 建议：员工应了解自己所在事业单位的具体人事管理政策，以及医疗期的相关规定。若单位拟解除劳动合同，员工有权要求单位说明理由，并依据相关法律法规进行维权。

3. 单位规章制度与法律法规均无明确规定，或规定不明确

   • 在此情况下，单位与员工应协商解决。双方可就病假期间的工资待遇、工作安排等事项进行协商，并达成一致意见。若协商不成，员工可向劳动争议调解委员会申请调解，或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
   • 建议：员工在协商过程中应保留好相关证据（如病假证明、工资单等），以便在调解或仲裁过程中维护自己的合法权益。同时，员工也可咨询专业律师，了解自己的法律权益及维权途径。

额外提醒：

• 事业单位员工在病假期间，应遵守单位规章制度，按时提交病假证明等相关材料。
• 若员工因病无法继续工作，且符合病退条件（如达到一定年龄、缴纳社会保险费年限等），可考虑申请病退。
• 员工在病假期间，应关注自己的身体健康状况，积极配合治疗，争取早日康复返回工作岗位。

若您在事业单位病假方面遇到具体问题或纠纷，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。