结论前置：公司代收的款项被使用是否违法，需根据款项性质、使用目的及公司权限等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、款项性质与用途的合法性
合法代收款项：若公司代收的款项属于合法来源，如代收客户货款、代收政府补贴等，且公司按照约定或法律规定将款项用于指定用途，如支付给供应商、上缴政府等，则这种使用是合法的。
非法代收款项：若公司代收的款项来源非法，如诈骗、贪污等所得，或者公司明知款项来源非法仍代为收取，则公司可能构成共同犯罪或掩饰、隐瞒犯罪所得罪等，此时使用这些款项自然是违法的。
款项用途违法：即使款项来源合法，但如果公司将其用于非法活动，如赌博、贩毒、洗钱等，或者违反公司章程、合同约定将款项挪作他用，如将代收的客户货款用于公司其他非经营性支出，这种使用也是违法的。
二、公司权限与授权范围
有权代收并使用：若公司根据合同约定或法律规定有权代收某笔款项，并且在使用该款项时未超出授权范围，如按照合同约定将代收的款项支付给第三方或用于特定项目，则这种使用是合法的。
无权代收或超范围使用：若公司未经授权或超出授权范围代收款项，或者在使用款项时违反了合同约定或法律规定，如将代收的款项用于非合同约定的用途或未经批准擅自改变资金用途，则这种使用可能是违法的。
三、法律后果与责任承担
民事责任：若公司违法使用代收款项，可能面临向相关方（如客户、供应商、政府等）承担违约责任或赔偿责任的风险。例如，因公司擅自挪用代收货款导致供应商无法按时收到款项，供应商有权要求公司承担违约责任并赔偿损失。
行政责任：若公司违法使用代收款项的行为违反了行政法规或规章的规定，可能面临行政处罚的风险。例如，公司因违反税收法规被税务机关处以罚款、没收违法所得等行政处罚。
刑事责任：若公司违法使用代收款项的行为构成犯罪（如挪用资金罪、职务侵占罪等），则公司及其相关责任人员可能面临刑事追究的风险。根据犯罪情节的严重程度，可能面临有期徒刑、拘役、罚金等刑罚。
四、建议与措施
完善内部管理制度：公司应建立健全内部财务管理制度，明确代收款项的流程、权限和责任，确保代收款项的合法性和合规性。
加强合规审查与监督：公司应加强对代收款项的合规审查与监督，确保款项来源合法、用途合规，并定期对代收款项的使用情况进行审计和检查。
及时咨询专业律师：若公司对代收款项的使用存在疑问或担忧，应及时咨询专业律师的意见，以便及时发现问题并采取措施避免法律风险。
总结：公司代收的款项被使用是否违法，需根据具体情况综合判断。为确保合法合规，公司应完善内部管理制度、加强合规审查与监督，并在必要时咨询专业律师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。