结论：在公司劳动合同中约定三年期限、三个月试用期是合法且有效的。以下是对这一问题的详细分析：
一、试用期的法律规定
根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条的规定，劳动合同期限与试用期的设定需遵循以下原则：
- 劳动合同期限三个月以上不满一年的：试用期不得超过一个月。
- 劳动合同期限一年以上不满三年的：试用期不得超过二个月。
- 三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同：试用期不得超过六个月。
二、针对“三年劳动合同，三个月试用期”的分析
- 合法性：由于合同期限为三年，属于“三年以上固定期限劳动合同”的范畴，因此约定的三个月试用期未超过法律规定的上限（六个月），是合法的。
- 合理性：虽然三个月试用期在法律允许的范围内，但具体是否合理还需结合岗位性质、工作内容以及双方协商结果来判断。对于某些需要较长时间来评估员工能力和适应性的岗位，三个月试用期可能是合理的；而对于其他岗位，则可能相对较长。不过，从法律角度来看，只要不超过六个月，都是被允许的。
三、注意事项
- 明确约定：在劳动合同中应明确约定试用期的起止时间、工作内容、考核标准等事项，以避免后续纠纷。这有助于双方明确各自的权利和义务，确保试用期的顺利进行。
- 遵守法律：无论试用期长短如何约定，都必须严格遵守《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定。用人单位不得违反法律规定，约定过长的试用期或采取其他不合法手段损害劳动者的权益。
- 公平合理：试用期的设定应基于公平、合理的原则，既要保障用人单位的用人自主权，也要维护劳动者的合法权益。双方应在平等自愿的基础上协商确定试用期的长度和条件。
四、法律后果
如果用人单位违反法律规定，约定了超过法定上限的试用期，那么超出的部分将被视为无效。劳动者有权要求用人单位按照正式员工的标准支付超出部分的工资及补偿金（如适用）。同时，用人单位还可能面临劳动行政部门的责令改正等行政处罚。
总结与建议：在公司劳动合同中约定三年期限、三个月试用期是合法且有效的。不过，双方在签订合同时应明确约定试用期的相关事项，并严格遵守法律法规的规定。如果您在劳动合同签订或履行过程中遇到任何疑问或问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议和帮助。