合同中约定应由甲方行使的权利由乙方行使，该约定的效力需分情况讨论：
若该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，且不违背公序良俗，同时双方意思表示真实，则该约定有效。
- 法律解释：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。只要双方当事人在合同中的约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方意思表示真实，那么该约定就是有效的。在此情况下，合同中约定应由甲方行使的权利由乙方行使，可以视为双方对合同权利义务的一种重新分配，只要这种分配不损害国家、集体或第三人的利益，就是合法的。
- 举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，原本约定由甲方负责收取货款，但后来双方协商一致，改为由乙方收取货款，并在合同中进行了明确约定。只要该约定不违反其他法律规定，且双方意思表示真实，那么该约定就是有效的。
若该约定违反法律、行政法规的强制性规定，或违背公序良俗，或存在欺诈、胁迫等情形导致意思表示不真实，则该约定无效。
- 法律解释：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，违背公序良俗的民事法律行为也无效。此外，如果一方以欺诈、胁迫的手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方或受胁迫方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。因此，如果合同中约定应由甲方行使的权利由乙方行使，但该约定违反了法律、行政法规的强制性规定，或违背了公序良俗，或存在欺诈、胁迫等情形导致意思表示不真实，那么该约定就是无效的。
- 举例说明：假设甲乙双方签订了一份合同，约定由乙方行使原本应由甲方行使的某项专属权利（如专利权），但该权利的行使受到法律的严格限制，且未经甲方同意不得转让或授权他人行使。如果双方在合同中进行了这样的约定，那么该约定就可能因违反法律强制性规定而无效。
建议：在签订合同时，双方应仔细审查合同条款，确保合同内容合法、合规，且双方意思表示真实。如果合同中存在约定应由一方行使的权利由另一方行使的条款，应特别注意该条款是否违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗。如有任何疑问或不确定之处，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。
后续行动指南：如果您在合同签订或履行过程中遇到了类似问题，或者对合同条款的效力有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。