农业农村合作社能否在基本农田上使用，需根据具体用途和法律规定来判断，核心结论如下：

1. 若用于农业生产活动，则允许使用
   根据《基本农田保护条例》第十七条，禁止任何单位和个人在基本农田保护区内建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他破坏基本农田的活动。但农业农村合作社若将基本农田用于种植粮食、蔬菜、经济作物等农业生产活动，属于合法使用范畴，无需额外审批。例如，合作社在基本农田上种植小麦、水稻等粮食作物，或开展绿色有机蔬菜种植项目，均符合法律规定。

2. 若用于非农业建设，则原则上禁止，特殊情况需审批
   若合作社计划在基本农田上建设非农业设施（如办公楼、仓库、加工厂等），则属于违法行为。根据《土地管理法》第三十五条，禁止占用永久基本农田发展林果业和挖塘养鱼；若涉及其他非农业建设，需符合以下条件：

   • 例外情形：根据《土地管理法》第四十四条，涉及能源、交通、水利、军事设施等国家重点建设项目，确需占用基本农田的，需经国务院批准，并补划数量相等、质量相当的基本农田。
     
   • 审批流程：合作社需向县级以上人民政府自然资源主管部门提出申请，提交项目可行性研究报告、土地利用总体规划调整方案等材料，经省级人民政府或国务院批准后方可实施。
     

3. 若用于农业设施建设，需符合规划并办理手续
   若合作社计划在基本农田上建设温室大棚、畜禽养殖设施、水产养殖池塘等农业设施，需满足以下条件：

   • 规划要求：设施农业用地需符合乡镇土地利用总体规划和村庄规划，不得占用永久基本农田（特殊情况除外，如种植设施未破坏耕作层的除外）。
     
   • 备案手续：合作社需向乡镇人民政府备案，并签订用地协议，明确用地规模、期限、用途及复垦要求。
     

建议：合作社在使用基本农田前，应先核实土地性质（可通过当地自然资源部门查询），并确保用途符合法律规定。若涉及非农业建设或设施农业用地，务必提前办理审批或备案手续，避免违法风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。