结论前置：自治小区在没有取得收费资质的情况下，原则上不应收取物业费，已收取的物业费是否需要补缴需视具体情况而定，一般而言，若服务已提供且符合相关标准，业主可能仍需支付相应费用；若服务未提供或不符合标准，则业主有权拒绝支付或要求退还。

详细分析：

1. 自治小区物业费的收取原则：

   • 自治小区，即由业主自行管理的小区，其物业费的收取应当遵循合法、合理、公开的原则。合法性要求小区在收取物业费前，需取得相应的收费资质或备案，这是确保收费行为合法性的基础。然而，在实际操作中，部分自治小区可能因各种原因未能及时取得收费资质。

2. 未取得收费资质的影响：

   • 从法律层面讲，未取得收费资质而收取物业费，可能构成违法收费行为。但这并不意味着所有未取得资质的收费行为都必然无效，或业主可以因此拒绝支付所有已收取的物业费。关键在于，小区是否实际提供了物业服务，以及这些服务是否符合相关标准。

3. 已收取物业费的处理方式：

   • 若服务已提供且符合标准：即使小区未取得收费资质，但若其实际提供了物业服务，且这些服务符合行业或地方标准，业主在享受服务的同时，也应当承担支付相应费用的义务。此时，业主可能仍需支付已收取的物业费，或与小区协商补缴事宜。
   • 若服务未提供或不符合标准：若小区未提供物业服务，或提供的服务不符合相关标准，业主则有权拒绝支付物业费，或要求小区退还已收取的费用。在此情况下，业主可以通过法律途径维护自己的合法权益。

4. 法律建议：

   • 对于自治小区而言，应尽快办理收费资质或备案手续，以确保收费行为的合法性。同时，小区应建立健全的物业服务管理制度，提高服务质量，以赢得业主的信任和支持。
   • 对于业主而言，若发现小区未取得收费资质而收取物业费，或提供的服务不符合标准，应及时与小区沟通协商，要求解决问题或退还费用。若协商无果，业主可以向相关部门投诉或寻求法律援助。

特殊情况说明：

• 在某些地区或特定情况下，政府可能出台相关政策或规定，对自治小区的物业费收取进行特殊管理或指导。因此，在处理此类问题时，还需结合当地的具体政策和规定进行综合分析。

后续行动建议：

• 若您作为业主遇到此类问题，建议首先与小区管理方进行沟通协商，了解具体情况并寻求解决方案。若协商无果，您可以向我咨询具体的法律途径和维权策略。