法院调解以最低工资标准计算加班费是否合法，需分情况讨论，结论如下：

1. 若调解协议系双方自愿达成且不违反法律强制性规定，则合法
   根据《劳动争议调解仲裁法》第四条，发生劳动争议时，当事人可自愿协商或申请调解组织调解。若双方在调解过程中明确同意以最低工资标准作为加班费计算基数，且该标准不低于当地最低工资标准本身（即未突破法定底线），则调解协议具有法律效力。此时，法院基于当事人意思自治原则确认调解内容，不违反法律规定。

2. 若调解协议违反法律强制性规定或显失公平，则可能被撤销或认定无效

   • 违反加班费计算法定标准：根据《劳动法》第四十四条，加班费计算基数应为劳动者正常工作时间工资（通常指劳动合同约定的工资，未约定时以实际工资为准）。若最低工资标准显著低于劳动者实际工资水平，且调解协议强制以最低工资为基数，可能因“排除劳动者权利”或“违反法律强制性规定”被认定无效（《劳动合同法》第二十六条）。
     
   • 显失公平情形：若劳动者因信息不对称、胁迫等原因被迫接受以最低工资计算加班费，导致权利义务严重失衡，可依据《民法典》第一百五十一条主张撤销调解协议。

3. 司法实践中的审查重点
   法院在审查调解协议时，会综合考量以下因素：

   • 当地最低工资标准与劳动者实际工资的差距；
     
   • 调解过程中双方谈判地位是否平等（如劳动者是否处于弱势）；
     
   • 调解协议是否明确告知劳动者权利放弃的后果。
     若存在重大误解或显失公平，法院可能建议调整计算标准或直接不予确认。

建议：若您面临此类调解，需重点核查：

• 劳动合同或工资条中约定的工资标准；
  
• 当地最低工资具体数额；
  
• 调解过程中是否充分表达诉求。
  如有疑问，可直接向我咨询具体案件细节，我将结合证据材料进一步分析。