结论：未批先建的三层楼，主动拆除第三层后，一二层楼房能否合法保留，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、法律程序与合规性角度
未批先建的法律性质：
- 未批先建，即未经相关部门批准擅自进行建设，这违反了城乡规划法、建筑法等相关法律法规的规定。此类行为可能面临责令停止建设、限期改正、罚款等行政处罚，甚至可能面临拆除的强制措施。
拆除第三层后的合规性：
- 拆除第三层后，一二层楼房的合规性需重新评估。若一二层楼房本身也未经批准建设，或虽经批准但建设过程中存在违规行为（如超面积、超高度等），则一二层楼房仍可能面临合规性问题。
- 若一二层楼房已获得合法建设手续，且建设过程中未违反相关规定，则拆除第三层后，一二层楼房在法律上可能得以保留。但需注意，即使一二层合法，若整体建筑（包括已拆除的第三层）存在影响规划、安全等问题，一二层也可能受到牵连。
补办手续的可能性：
- 拆除第三层后，若希望一二层楼房合法保留，需向相关部门申请补办建设手续。但补办手续的成功与否，取决于多种因素，如一二层楼房是否符合规划要求、是否已取得土地使用权、是否已缴纳相关税费等。
- 若一二层楼房存在违规行为或不符合规划要求，补办手续可能面临困难，甚至无法补办。
二、实际操作与风险角度
实际操作难度：
- 拆除第三层并补办手续，涉及多个部门（如规划、建设、国土等）的审批和协调，实际操作难度较大。
- 拆除过程中需确保安全，避免对一二层楼房造成损害。同时，拆除后的建筑垃圾处理、场地恢复等也需考虑。
法律风险：
- 若拆除第三层后，一二层楼房仍存在合规性问题，可能面临进一步的行政处罚或强制拆除风险。
- 若在拆除或补办手续过程中存在违法行为（如伪造文件、贿赂等），将面临更严重的法律后果。
三、建议与措施
咨询专业律师：
- 在处理此类问题时，建议首先咨询专业律师，了解具体法律程序和合规性要求，以及可能面临的法律风险。
与相关部门沟通：
- 主动与规划、建设、国土等相关部门沟通，了解一二层楼房的合规性情况，以及补办手续的具体要求和流程。
评估风险与成本：
- 全面评估拆除第三层并补办手续的风险与成本，包括时间成本、经济成本以及可能面临的法律风险等。
考虑其他方案：
- 若补办手续困难或风险较大，可考虑其他方案，如整体拆除后重新规划建设、转让土地使用权等。
总结：未批先建的三层楼，主动拆除第三层后，一二层楼房能否合法保留需视具体情况而定。在处理此类问题时，建议咨询专业律师，与相关部门沟通，全面评估风险与成本，并考虑其他可行方案。如有具体法律问题，可直接向我咨询。