车辆挂靠公司给绿本（机动车登记证书）是否合法，需分情况讨论：
若挂靠协议明确约定且符合法律规定
根据《民法典》中关于合同效力的规定，若车辆挂靠协议中明确约定由挂靠公司保管绿本，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定（如未涉及非法抵押、转让等行为），则该行为具有合法性。此时，挂靠公司作为协议一方，基于合同约定持有绿本，属于民事法律关系中的合法占有。但需注意，挂靠公司仅享有保管权，无权擅自处分车辆或绿本（如抵押、质押），否则可能构成侵权或违约。
若挂靠协议未约定或约定违法
- 未约定保管义务：若协议未明确绿本保管方，或仅约定车辆挂靠但未涉及绿本归属，则绿本应由实际车主（即车辆所有权人）持有。挂靠公司强行扣留绿本可能构成对车主财产权的侵害，车主有权要求返还。
- 约定违法情形：若挂靠协议中约定挂靠公司可利用绿本进行非法活动（如伪造材料抵押车辆），则该条款因违反《民法典》第153条“违反法律、行政法规强制性规定的民事法律行为无效”而无效。此时，挂靠公司不仅无权持有绿本，还可能面临行政处罚或刑事责任。
法律建议：
- 对车主：签订挂靠协议前，务必明确绿本保管条款，避免模糊表述。若挂靠公司拒绝返还绿本，可依据《民法典》第235条“无权占有不动产或动产的，权利人可以请求返还原物”提起诉讼，要求返还绿本并赔偿损失。
- 对挂靠公司：应严格依据协议约定保管绿本，不得擅自使用或处分。若需以绿本办理合法手续（如年检、过户），应提前与车主协商并取得书面授权，避免纠纷。
风险提示：
若挂靠公司利用绿本实施诈骗、抵押等行为，车主可能因车辆被非法处置而遭受财产损失。此时，车主除可追究挂靠公司民事责任外，还应及时报警，追究其刑事责任。
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