结论：保险公司在办理交强险时单方面办理零时生效，发生交通事故后保险公司是否负责，需分情况讨论，具体如下：
- 若交强险合同中明确约定了零时生效条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定
- 保险公司责任认定：在这种情况下，保险公司通常不承担交强险范围内的赔偿责任。因为零时生效条款意味着保险合同在约定的特定时间点（如次日零时）才正式生效，在此之前发生的交通事故，不属于保险合同约定的保险期间内，保险公司依据合同条款有权拒绝赔付。
- 法律依据：根据《中华人民共和国保险法》第十三条规定，依法成立的保险合同，自成立时生效。投保人和保险人可以对合同的效力约定附条件或者附期限。因此，如果双方在合同中明确约定了零时生效这一附期限生效条件，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，是合法有效的。
- 若交强险合同中未明确约定零时生效条款，或者该条款存在瑕疵（如未尽到提示说明义务）
- 保险公司责任认定：此时保险公司可能仍需承担交强险范围内的赔偿责任。因为交强险具有强制性和社会公益性，其目的是保障交通事故受害人能够及时获得赔偿。如果保险公司未在合同中明确告知投保人零时生效这一重要条款，或者未以合理方式提醒投保人注意，导致投保人误解保险合同生效时间，那么该条款可能对投保人不产生效力，保险公司不能以此为由拒绝赔付。
- 法律依据：根据《中华人民共和国保险法》第十七条规定，订立保险合同，采用保险人提供的格式条款的，保险人向投保人提供的投保单应当附格式条款，保险人应当向投保人说明合同的内容。对保险合同中免除保险人责任的条款，保险人在订立合同时应当在投保单、保险单或者其他保险凭证上作出足以引起投保人注意的提示，并对该条款的内容以书面或者口头形式向投保人作出明确说明；未作提示或者明确说明的，该条款不产生效力。
建议：在实际操作中，如果遇到此类纠纷，投保人应及时收集相关证据，如保险合同、缴费凭证、事故认定书等，向保险公司提出理赔申请。如果保险公司拒绝赔付，投保人可以向当地保险监管部门投诉，或者通过诉讼等法律途径维护自己的合法权益。如果您有进一步的法律问题，可以直接向我咨询。