核心结论：法人以个人身份盖的厂房，其处理方式需根据厂房的产权归属、建设资金来源以及是否存在违法情形等因素综合判断，具体如下：
若厂房产权归属于法人个人
若法人以个人名义申请建设用地、办理规划许可，并使用个人资金建设厂房，且建设过程符合城乡规划、土地管理等法律法规，则厂房产权归法人个人所有。此时，厂房的处置（如转让、抵押、租赁等）需遵循个人财产的处置规则，但需注意：
- 若厂房建设占用了公司名下的土地，可能涉及土地使用权与房屋所有权分离的问题，需通过补办手续或协商解决；
- 若法人同时担任公司职务，其个人行为与公司行为需严格区分，避免因混淆导致公司承担连带责任。
若厂房产权归属于公司
若法人虽以个人身份签订建设合同，但建设资金来源于公司、厂房实际用于公司经营，或公司事后追认厂房归公司所有，则厂房可能被认定为公司财产。此时：
- 需通过补充协议、股东会决议等方式明确产权归属；
- 若涉及违法建设（如未取得规划许可），需先补办手续或接受行政处罚，再办理产权过户；
- 若法人擅自处分厂房（如转让给第三方），公司可主张合同无效或要求赔偿损失。
若存在违法建设情形
若厂房建设未取得建设工程规划许可证、施工许可证，或违反土地用途管制（如占用农用地），则属于违法建筑。此时：
- 行政机关可责令限期拆除、罚款，甚至强制执行；
- 若厂房已投入使用，可通过补办手续“合法化”，但需符合城乡规划；
- 若因违法建设导致他人损害，法人需承担赔偿责任，公司可能因管理失职承担连带责任。
建议：
- 第一步：核查厂房的产权登记信息（如不动产权证）、建设审批文件（如规划许可证、施工许可证）；
- 第二步：梳理建设资金来源、土地使用权归属、厂房实际使用情况等证据；
- 第三步：根据产权归属和违法情形，选择补办手续、协商确权或接受行政处罚等方案；
- 第四步：若涉及公司利益，需通过股东会决议或补充协议明确权责，避免纠纷。
如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情提供更详细的法律分析。