结论：交房晚了半年，违约金赔偿三年后才退，这种情况是否合理，需结合购房合同的具体约定以及相关法律法规来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
违约金支付时间：
- 如果购房合同中明确约定了开发商因延迟交房应支付的违约金，并且也约定了违约金的支付时间（如交房后一定期限内支付），那么开发商应按照合同约定的时间支付违约金。
- 若合同中约定的违约金支付时间为三年后，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么从合同自治的角度来看，这种约定是有效的，开发商按照约定时间支付违约金并不违法。但这种情况较为少见，且可能对购房者不利，因为购房者需要等待较长时间才能获得赔偿。
合同条款的合理性：
- 购房者在签订合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于违约金支付时间、方式等关键条款。如果发现合同条款存在不合理之处，如违约金支付时间过长，购房者有权提出异议，并要求修改合同条款。
- 如果购房者已经签订了含有不合理条款的合同，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么购房者可能需要通过协商、诉讼等方式来维护自己的权益。
二、法律法规角度
违约金支付义务：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。因此，开发商延迟交房，应当承担支付违约金的违约责任。
违约金支付时间限制：
- 法律法规并未明确规定违约金的支付时间，这通常由合同双方自行约定。但是，如果合同约定的违约金支付时间过长，可能构成对购房者权益的不合理限制，购房者可以依据《中华人民共和国民法典》中关于合同公平原则、诚实信用原则等规定，主张调整违约金支付时间。
三、实际操作建议
协商解决：
- 购房者可以首先尝试与开发商进行协商，要求开发商提前支付违约金或者提供其他形式的补偿。协商过程中，购房者可以引用合同条款、相关法律法规来支持自己的主张。
法律途径：
- 如果协商无果，购房者可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。例如，向法院提起诉讼，要求开发商按照合同约定或者法律法规的规定支付违约金。在诉讼过程中，购房者需要提供充分的证据来证明自己的主张。
关注合同条款：
- 在未来的购房过程中，购房者应更加关注合同条款的约定，特别是关于违约金支付时间、方式等关键条款。在签订合同前，可以咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保障。
举例说明：假设购房合同中约定，开发商延迟交房应支付购房者每日万分之一的违约金，且违约金在交房后三年内支付。如果购房者认为该约定不合理，可以尝试与开发商协商修改合同条款。如果协商无果，购房者可以向法院提起诉讼，要求开发商提前支付违约金或者调整违约金支付时间。在诉讼过程中，购房者需要提供购房合同、延迟交房的证据等材料来支持自己的主张。
总结：交房晚了半年，违约金赔偿三年后才退是否合理，需结合购房合同的具体约定以及相关法律法规来综合判断。购房者应仔细审查合同条款，并在必要时通过协商或法律途径来维护自己的权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。