针对您提出的“乡镇改革后违建怎么处理”的问题，这是一个涉及土地管理、行政执法以及乡镇改革后职能调整的复杂问题。以下是我根据现有法律法规、政策文件以及司法实践，为您提供的详细解答：
一、违建查处的基本原则
首先，需要明确的是，无论乡镇是否进行改革，对于违法建筑物的查处都应遵循“依法依规、公正公开、分类处置”的原则。这意味着，任何未经批准或采取欺骗手段骗取批准而非法占用土地建设的建筑物，都应受到法律的制裁。
二、违建查处的主体与职责
在乡镇改革后，违建的查处主体和职责可能因地区和政策的不同而有所差异。但根据《土地管理法》及相关政策文件，农村村民未经批准非法占用土地建住宅的查处职责，主要由县级以上人民政府农业农村主管部门行使。这一规定明确了农业农村部门在违建查处中的主导地位。
同时，自然资源部门在土地管理中也扮演着重要角色，但其主要职责并不包括对农村村民非法占地建住宅的查处。自然资源部门更多地是负责土地资源的规划、管理、保护和合理利用，以及土地违法行为的查处（但特定于农村村民非法占地建住宅的行为除外）。
三、违建的具体处理流程
立案调查：当发现违建行为时，农业农村主管部门或相关执法机构会进行立案调查，收集证据，确认违建事实。
行政处罚：根据调查结果，农业农村主管部门会依法作出行政处罚决定，要求违建者停止违法行为，限期拆除违建，并可能处以罚款等处罚。
强制执行：如果违建者未按期履行行政处罚决定，农业农村主管部门可以向法院申请强制执行。法院在审查后，会依法作出裁定，并由相关部门负责执行。
没收与处置：对于符合土地利用总体规划的违建，自然资源主管部门（在特定情况下，如涉及非农村村民非法占地或违建非住宅时）可能会作出没收决定。但根据广东省自然资源厅的答复，没收后的违法建筑物应由人民政府或指定的部门依法依规处理，而不是直接移交给乡镇人民政府或村集体经济组织。
四、乡镇在违建处理中的角色
在乡镇改革后，乡镇人民政府可能更多地承担起协调、监督和配合违建查处工作的职责。例如，乡镇人民政府可以协助农业农村主管部门进行违建的巡查、发现和报告工作；在违建查处过程中，提供必要的支持和配合；以及在违建拆除后，负责现场的清理和恢复工作等。
五、特殊情况的处理
对于历史遗留的违建问题，如因历史原因、政策变化等原因形成的违建，可能需要采取更加灵活和务实的处理方式。这可能包括分类处置、逐步消化、完善手续等措施，以平衡法律严肃性和社会稳定性之间的关系。
综上所述，乡镇改革后违建的处理应遵循依法依规、公正公开、分类处置的原则，明确查处主体和职责，按照具体处理流程进行操作，并充分发挥乡镇人民政府在违建处理中的协调、监督和配合作用。希望这些解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。