手写定金协议中违约金的计算需分情况讨论，具体如下：

1. 若协议中明确约定了违约金比例或具体金额
   根据《民法典》第五百八十五条，违约金以双方约定为准，但需遵循“损失补偿为主、惩罚性为辅”原则。若约定的违约金过分高于实际损失（通常指超过损失的30%），违约方可请求法院或仲裁机构适当减少；若低于实际损失，守约方可请求增加。
   示例：协议约定“买方违约需支付定金2倍作为违约金”，若卖方实际损失仅为定金金额的1.2倍，法院可能将违约金调整为1.2倍。

2. 若协议未约定违约金，但约定了定金条款
   根据《民法典》第五百八十七条，适用“定金罚则”：

   • 收受定金方违约：需双倍返还定金；
     
   • 支付定金方违约：无权要求返还定金。
     注意：定金金额不得超过主合同标的额的20%，超出部分不产生定金效力（法院会按预付款处理）。
     示例：合同总价10万元，定金约定3万元，则仅2万元适用定金罚则，剩余1万元按预付款返还。

3. 若协议既未约定违约金，也未约定定金
   违约方需赔偿守约方实际损失（包括直接损失和可得利益损失），但需由守约方举证证明损失金额。
   示例：因买方违约导致卖方错过最佳销售时机，卖方需提供证据证明实际损失（如差价、额外支出等），法院据此判决赔偿。

建议：

• 签订协议时，明确约定违约金计算方式（如按日计息、固定比例等），并留存相关损失证据（如发票、合同、沟通记录等）；
  
• 若违约金约定模糊，可能被认定为“未约定”，需按实际损失主张权利；
  
• 涉及大额交易时，可咨询律师审核协议条款，避免条款无效或争议。
  

如有具体协议内容或纠纷场景，可进一步向我说明，我会结合细节提供针对性分析。