公安机关发现已判决案件犯罪数额存在问题时，应当依法启动审判监督程序或通过其他法定途径予以纠正。具体处理方式如下：

1. 内部审查与移送材料
   公安机关在侦查、执行或日常工作中发现已生效判决的犯罪数额存在错误（如证据不足、计算错误、新证据出现等），需首先进行内部审查，确认问题真实性及影响范围。若确认存在重大错误，应制作《刑事案件纠正意见书》或相关法律文书，连同证据材料一并移送同级人民检察院，建议其依法提出抗诉或检察建议。

2. 检察机关的监督与抗诉
   人民检察院收到公安机关移送的材料后，会进行独立审查。若认为原判决确有错误（包括犯罪数额认定错误），可依法向同级人民法院提出抗诉，或通过上级检察院向上一级法院提出抗诉。根据《刑事诉讼法》第254条，抗诉是启动审判监督程序的主要方式之一，法院需重新组成合议庭审理案件。

3. 法院的再审程序
   法院收到抗诉或检察建议后，若决定再审，会裁定中止原判决执行，并按照第二审程序或第一审程序重新审理。审理中，法院会重点审查犯罪数额的认定依据，包括证据合法性、计算方法、新证据等。若确认原判决错误，会依法改判或撤销原判、发回重审。

4. 特殊情形处理

   • 数额误差较小且不影响定罪量刑：若犯罪数额误差较小，且未改变罪名或量刑档次（如从“数额较大”变为“数额接近较大”），公安机关可能通过与法院、检察院沟通，以补充裁定或司法建议形式修正，而非启动再审。
     
   • 当事人申诉或举报：若当事人或利害关系人发现犯罪数额错误并申诉，公安机关需配合法院、检察院调查，提供相关证据材料，确保程序公正。

5. 程序合法性与证据要求
   整个纠正过程需严格遵循法定程序，确保证据充分、合法。例如，新证据需符合《刑事诉讼法》第50条关于证据形式和收集程序的要求，避免因证据瑕疵导致纠正失败。

总结：公安机关发现已判决案件犯罪数额错误时，需通过检察机关抗诉或检察建议启动审判监督程序，法院依法再审后作出纠正。若误差较小且不影响定罪量刑，可能通过补充裁定处理。整个过程需以证据为基础，确保程序合法。如有具体案件疑问，可直接向我咨询。