每日千分之三的违约金是否合法，需结合具体情境判断，并非一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、法律框架与基本原则

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条的规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这意味着，只要双方自愿并在合同中明确约定了违约金的计算方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么该约定就是有效的。每日千分之三的违约金，在合同有明确约定且未违反法律的前提下，是具备合法性的基础的。

2. 合法性审查：违约金的约定不得违反法律法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。如果约定的违约金过高或过低，可能会受到法律的调整。

二、每日千分之三违约金的合法性分析

1. 一般情形下的合法性：

   • 在一般情况下，如果双方在合同中明确约定了每日千分之三的违约金，并且这一约定没有违反法律法规的强制性规定，也没有显失公平或违背公序良俗，那么这一约定是合法的。例如，在商业合同中，双方可能基于商业风险和预期损失，合理约定较高的违约金比例。

2. 特殊情形下的合法性考量：

   • 过高或过低的违约金：根据《民法典》第五百八十五条的规定，如果约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少；如果约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加。因此，即使约定了每日千分之三的违约金，如果其明显高于实际损失，也可能被法院或仲裁机构调整。
   • 利率限制：在某些特定领域，如民间借贷，法律对利率有明确的上限规定。虽然违约金并非利息，但在某些情况下，过高的违约金可能被视为变相的高利贷而受到限制。然而，对于非民间借贷的合同关系，如买卖合同、服务合同等，法律并未明确规定违约金的具体比例上限。但需注意，若违约金换算成年利率后远超司法保护的利率上限（如LPR的四倍），调整的可能性会增大。

三、实践中的注意事项与建议

1. 合理约定违约金：当事人在签订合同时，应充分考虑违约可能造成的损失和对方的承受能力，合理约定违约金的比例。避免约定过高的违约金导致合同显失公平或被法院调整。例如，可以基于历史数据、行业惯例或专业评估来确定违约金比例。

2. 保留证据：在发生违约纠纷时，当事人应保留好相关证据，如合同文本、违约行为证明、损失计算依据等，以证明自己的损失和对方的违约行为。这有助于在诉讼或仲裁中维护自己的合法权益。

3. 具体案例分析：假设一个买卖合同中，双方约定了每日千分之三的违约金。若买方逾期付款，导致卖方产生了实际损失（如资金占用成本、额外融资费用等）。若每日千分之三的违约金能够合理覆盖这些损失，且未超过法律保护的利率上限，则该约定是合法的。反之，若违约金远高于实际损失，则可能被法院或仲裁机构调整。

总结与建议：每日千分之三的违约金是否合法，需结合合同约定、实际损失以及相关法律法规等多个方面进行综合判断。在签订合同时，建议双方当事人谨慎约定违约金的数额或计算方法，并确保其符合法律的规定和实际情况。若面临违约金纠纷，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供有针对性的法律建议和解决方案。