在快手小店中，客户申请仅退款后，若经过协商，最终自动退款的金额通常是协商确定的金额，而非客户最初申请的金额。不过，具体情形还需结合快手小店的平台规则以及协商的具体内容来确定，以下从不同角度进行分析：
平台规则角度：
- 快手小店作为电商平台，其退款流程通常遵循一定的规则。在客户申请仅退款后，平台可能会提供一个协商机制，让商家和客户就退款金额进行协商。
- 如果协商成功，平台通常会按照协商确定的金额进行退款。这一流程旨在保护双方的合法权益，确保退款金额的公平性和合理性。
协商内容角度：
- 协商是商家和客户之间就退款金额进行沟通的过程。在这个过程中，双方可以就退款金额、退款原因、退款方式等事项进行讨论，并最终达成一致意见。
- 如果协商成功，那么退款金额就是双方协商确定的金额，而不是客户最初申请的金额。这是因为协商过程本身就是一个双方让步和妥协的过程，最终达成的协议应该反映双方的共同意愿。
特殊情况处理：
- 当然，也存在一些特殊情况。例如，如果协商未果，或者商家不同意客户的退款申请，那么平台可能会介入处理，根据平台规则和相关法律法规来判定退款金额。
- 另外，如果客户在申请退款时提供了虚假信息或者恶意申请退款，商家也有权拒绝退款申请，并可能向平台投诉或寻求法律途径解决。
法律建议：
- 对于商家而言，在处理客户退款申请时，应仔细审查客户的申请理由和证据，确保退款金额的合理性。同时，积极与客户进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 对于客户而言，在申请退款时，应提供真实、准确的退款理由和证据，避免恶意申请退款或提供虚假信息。如果与商家协商无果，可以向平台投诉或寻求法律途径解决。
可能后果：
- 如果商家或客户违反平台规则或相关法律法规进行退款操作，可能会面临平台的处罚或法律责任。例如，商家可能因恶意拒绝退款而被平台处罚，客户可能因恶意申请退款而被平台限制购物或承担法律责任。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。