结论前置：股权转让合同被仲裁委员会确认无效并裁决双方相互返还股权及转让款时，是否应当征收相关税费，需根据具体情形判断，一般情况下，因合同无效导致的股权及转让款返还，可能涉及企业所得税、个人所得税以及印花税等税费的征收问题，但具体是否征收及征收标准需依据税法规定及税务机关的认定。以下从不同角度进行详细分析：
一、企业所得税角度
股权转让方：若股权转让方为企业，因合同无效而返还的股权转让款，在会计处理上可能视为资产处置的收回。根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例，企业取得收入（包括转让财产收入）应计入应纳税所得额。然而，在合同无效的情况下，若转让方已就转让收入缴纳了企业所得税，且后续因合同无效而返还了部分或全部款项，理论上可能存在退税或调整应纳税所得额的情况。但具体操作需依据税务机关的认定及税法规定执行，可能涉及复杂的税务处理程序。
股权受让方：对于股权受让方而言，因合同无效而收回的股权，若其之前已将该股权计入资产成本或进行了其他税务处理，可能需根据税务机关的要求进行相应的税务调整。同时，若受让方在持有股权期间已就股权产生的收益（如股息、红利等）缴纳了企业所得税，且这些收益因合同无效而需返还给转让方，理论上也可能涉及退税或调整应纳税所得额的问题。
二、个人所得税角度
自然人股东：若股权转让方或受让方为自然人，因合同无效而返还的股权转让款，可能涉及个人所得税的征收问题。根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，个人转让股权取得的所得属于财产转让所得，应缴纳个人所得税。然而，在合同无效的情况下，若转让方已就转让所得缴纳了个人所得税，且后续因合同无效而返还了部分或全部款项，理论上可能存在退税或调整应纳税所得额的情况。但同样，具体操作需依据税务机关的认定及税法规定执行。
税务处理复杂性：对于自然人股东而言，因合同无效导致的税务处理可能更为复杂。因为个人所得税的征收通常与个人的收入、支出及财产状况密切相关，且可能涉及多个税目的调整。因此，在处理此类问题时，建议自然人股东及时咨询税务机关或专业税务律师，以确保税务处理的合规性。
三、印花税角度
印花税征收：根据《中华人民共和国印花税法》及相关规定，股权转让合同属于应税凭证，双方当事人应就合同金额缴纳印花税。然而，在合同无效的情况下，若双方已就合同金额缴纳了印花税，且后续因合同无效而相互返还了股权及转让款，理论上可能存在退税或调整印花税计税依据的情况。但具体是否退税及退税程序需依据税务机关的认定及税法规定执行。
实际操作建议：在实际操作中，因合同无效导致的印花税问题可能相对较少见，且处理起来可能较为复杂。因此，建议双方当事人在签订股权转让合同时，务必确保合同的合法性和有效性，以避免因合同无效而引发的税务风险。同时，若合同确实无效且已缴纳印花税，建议及时咨询税务机关或专业税务律师，以了解具体的退税或调整程序。
四、综合建议
及时咨询税务机关：在处理因股权转让合同无效而引发的税务问题时，建议双方当事人及时咨询当地税务机关或专业税务律师，以了解具体的税务处理程序和要求。
保留相关证据：双方当事人应妥善保留与股权转让及合同无效相关的所有证据和文件，以便在税务处理过程中提供必要的证明和支持。
合规处理税务问题：在处理税务问题时，双方当事人应确保合规性，避免因不当处理而引发的税务风险或法律责任。
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