关于体检入职后二次体检不过关公司辞退是否有补偿的问题，需根据具体情况分析，结论如下：

1. 一般情况下，公司违法解除需支付赔偿

   • 若员工二次体检不合格并非因从事国家法律、行政法规和国务院卫生行政部门规定禁止从事的易使传染病扩散的工作，且公司以此为由辞退员工，通常属于违法解除劳动合同。根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条、第八十七条，公司需按经济补偿标准的二倍支付赔偿金。
   • 赔偿金计算：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。赔偿金即为该经济补偿的两倍。例如，若员工在公司工作2年，月工资为5000元，则公司需支付的赔偿金为2个月工资，即10000元。

2. 特殊情况下，公司合法解除可能无需赔偿

   • 岗位有特定健康要求：若工作岗位对身体健康状况有特殊要求，且公司在招聘时已明确告知应聘者该岗位的健康标准，员工入职体检结果不符合该特定要求，公司据此辞退员工，可能属于合法解除。例如，食品加工企业明确要求从事食品生产岗位的员工不得患有特定传染病，应聘者在知晓并接受该要求的情况下参加应聘，二次体检后发现患有相关传染病，公司辞退时通常无需支付赔偿。
   • 试用期内且符合录用条件约定：若员工处于试用期，且公司在招聘时将符合岗位健康要求设定为录用条件之一，并有明确的书面规定或在招聘时向员工明示，员工因二次体检不合格未能满足该录用条件，公司在试用期内辞退员工通常也无需支付赔偿。但公司需证明已履行相关告知义务，且有相应的考核标准和流程。
   • 职业病或工伤导致体检不合格：如果员工因工作原因患上职业病或发生工伤导致体检不合格，公司不能随意辞退员工，且需按照相关法律法规给予赔偿。此时，公司辞退员工将构成违法解除劳动合同，需承担相应的法律责任。

3. 其他考虑因素

   • 医疗期与告知义务：若员工因非工作原因导致的身体问题影响工作，且公司已提前告知或给予了医疗期，但最终仍无法胜任工作，公司辞退时可能无需支付赔偿。但这也取决于劳动合同和公司规定的具体内容，以及当地的法律法规。
   • 劳动合同与公司规定：具体的赔偿责任还需参考劳动合同中的相关条款以及公司的内部规定。若劳动合同或公司规定中有明确约定，应按照约定执行。

总结与建议： 体检不合格被公司辞退是否有补偿，需综合考虑多种因素。建议员工在面临此类问题时，首先查看劳动合同和公司规定，了解自身的权利和义务；其次，根据自身情况分析公司辞退是否合法；最后，如有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供针对性的法律意见。