当发现不动产登记和合同面积不符时，首先应核实面积差异情况，并依据相关法律法规和合同条款，通过与卖方或开发商协商或寻求法律救济来解决问题。具体处理方式根据面积误差的大小而有所不同。以下是对此问题的详细分析：
一、核实面积差异情况
- 专业测量：聘请具备资质的测绘机构对不动产进行重新测量，获取准确的实际面积数据。这是处理面积不符问题的第一步，确保测量结果的权威性和专业性，为后续处理提供依据。
- 查阅资料：仔细审查购房合同、房屋产权证书、建设工程规划许可证及附图等文件，确认合同约定面积、登记面积以及规划设计面积等信息。这些文件是处理面积不符问题的重要证据，务必妥善保管。
二、依据法律法规和合同条款处理
面积误差较小的情况：
- 法律依据：根据最高人民法院《关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》，若面积误差比绝对值在3%以内（含3%），按照合同约定的价格据实结算。
- 处理方式：购房者需按照合同约定的单价补足或退还相应面积的房款，且不得请求解除合同。例如，若合同约定面积为100平方米，实际面积为102平方米，误差比为2%，则购房者需补足2平方米的房款。
面积误差较大的情况：
- 法律依据：同上述司法解释，若面积误差比绝对值超出3%，购房者有权选择解除合同或继续履行合同。
- 处理方式：
- 选择解除合同：要求开发商返还已付购房款及利息。例如，若合同约定面积为100平方米，实际面积为95平方米，误差比为5%，购房者有权选择解除合同，并要求开发商返还购房款及利息。
- 选择继续履行合同：对于实际面积大于合同约定面积的部分，3%以内的房价款由购房者补足，超出3%部分的房价款由出卖人承担；对于实际面积小于合同约定面积的部分，3%以内的房价款及利息由出卖人返还，超出3%部分的房价款由出卖人双倍返还。例如，若合同约定面积为100平方米，实际面积为105平方米，误差比为5%，则购房者需补足3平方米的房款，超出部分2平方米的房价款由出卖人承担。
三、特殊类型不动产的处理
- 农村宅基地房屋：及时向当地村委会、乡镇政府反映，由相关部门调查核实。若属登记错误，可按规定程序申请更正登记。农村宅基地房屋的处理可能涉及土地管理法和农村宅基地使用规定等特殊法律法规，需根据具体情况处理。
- 其他不动产（如商业用房、工业用房）：先确定面积差异原因，若是登记错误，持相关证明材料向不动产登记机构申请更正登记。其他类型的不动产处理可能涉及不同的法律法规和合同条款，需根据具体情况进行具体分析。
四、申请更正登记的具体流程
- 准备材料：包括测绘报告、购房合同、身份证明等。这些材料是申请更正登记的必要依据，务必准备齐全。
- 提交申请：向当地不动产登记机构提出更正登记申请。申请时需填写相关表格并提交准备好的材料。
- 审核与实地调查：不动产登记机构对申请材料进行审核，必要时进行实地调查。审核过程中可能要求补充材料或进行进一步核实。
- 更正登记与换发证书：经审核属实后，予以更正登记，并换发新的不动产权证书。更正登记完成后，购房者将获得新的不动产权证书，上面将记载准确的面积信息。
五、与卖方或开发商的沟通与协商
- 在发现面积差异后，及时与卖方或开发商取得联系，提出问题并尝试通过协商达成解决方案。协商内容可能包括调整购房价格、退还部分款项或获得其他形式的补偿。通过协商解决问题往往更加高效且成本较低。
六、保留证据与记录沟通过程
- 在整个处理过程中，务必保留所有相关证据和文件，包括测量报告、购房合同、沟通记录等。记录与卖方或开发商的每一次沟通，以便在必要时作为证据使用。保留证据和记录沟通过程是维护自己合法权益的重要手段。
七、寻求法律救济
- 若协商无果，可考虑向法院提起诉讼或向相关监管机构投诉，以维护自身权益。在此过程中，建议聘请专业律师提供法律咨询和支持，确保诉讼或投诉的有效性。法律救济是维护自己合法权益的最后手段，当其他途径无法解决问题时，可考虑通过法律途径解决。
综上所述，处理不动产登记和合同面积不符的问题需要谨慎而系统的操作。通过核实面积差异、依据法律法规和合同条款处理、与卖方或开发商协商、保留证据并记录沟通过程以及必要时寻求法律救济，可以有效地解决这一问题并保护自己的合法权益。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。