在工业用地上建设商铺，其合法性取决于具体的土地用途规划及是否按照法定程序办理了土地用途变更手续。未经批准擅自改变土地用途是违法的。以下是对此问题的详细分析：

一、土地使用性质与规划

根据我国土地管理相关法律法规，土地的使用性质有明确的划分。工业用地是专门用于工业生产、仓储等活动的土地，而商铺则属于商业用途。因此，若工业用地的规划仅允许工业生产活动，则直接在该土地上建设商铺将违反土地使用规定。然而，如果规划上明确允许或预留了建设商业设施的空间，并且符合其他相关规定（如建筑安全、消防要求），则在工业用地上建商铺可能是合法的。但这种情况较为少见，通常需要特定的规划调整或特殊政策支持。

二、合法改变土地用途的程序

若需要将工业用地转变为商业用地以建设商铺，必须遵循严格的法定程序：

1. 申请与审批：土地使用者需向当地国土资源管理部门提出土地用途变更申请，并详细说明变更原因、规划等相关情况。国土资源管理部门将综合考虑土地利用总体规划、城市规划等因素进行审核，必要时会征求规划、建设等相关部门的意见。
2. 补缴土地出让金：若申请获得批准，土地使用者需按新的商业用地标准补缴土地出让金差额。这是因为不同用途的土地，其出让金标准通常不同，商业用地的出让金一般高于工业用地。
3. 办理相关手续：完成上述步骤后，还需办理土地使用证变更、重新签订土地出让合同等一系列手续，以确保土地用途变更的合法性。这些手续是土地用途变更过程中必不可少的环节，也是保障各方权益的重要措施。

三、擅自改变土地用途的后果

未经批准擅自将工业用地用于建设商铺，可能会面临以下法律后果：

1. 行政处罚：国土资源管理部门有权责令限期改正，恢复土地原状，并对违法者处以罚款。罚款金额通常根据违法情节的严重程度确定，可能涉及土地面积、违规建设规模等因素。
2. 建筑物拆除：在严重情况下，相关部门可能依法强制拆除违规建设的商铺。这不仅会造成经济损失，还可能影响企业的正常运营和声誉。
3. 合同违约：若土地是通过出让等方式取得的，擅自改变土地用途还可能构成对土地出让合同的违约。土地出让方有权追究违约方的违约责任，包括要求赔偿损失等。

四、建议与注意事项

为避免不必要的法律风险和经济损失，建议在工业用地上建设商铺前，务必先咨询当地规划和土地管理部门，了解清楚相关政策和规定。特别是要关注土地的具体规划用途、是否需要办理土地用途变更手续以及是否存在特殊要求或限制。只有确保所有手续合法合规，才能稳妥地进行商铺建设。

如果您在工业用地建设商铺方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供详细的法律建议和解决方案。