即使商标权利人不主张权利，工商部门在某些情况下仍然可以依据商标法进行处罚。

详细分析如下：

从法律层面来讲，商标侵权行为本身是违反《商标法》的。即使权利人选择不追究，相关的行政部门，如工商部门，依然拥有依据自身职权去进行查处的权力。这是为了维护市场秩序，保护消费者的合法权益，以及打击商标侵权行为。

1. 一般情况：若商标侵权行为情节相对较轻，且权利人明确表示不追究，那么工商部门可能不会主动进行处罚。但这并不意味着侵权行为就完全合法，其违法性依然存在。
2. 严重情节：若商标侵权行为的情节较为严重，如涉及大规模侵权、重复侵权或造成恶劣社会影响等，即使权利人不追究，工商部门也可能会依职权进行查处，并给予相应的行政处罚，如罚款等。
3. 构成犯罪：若商标侵权行为已经达到了构成犯罪的程度，如涉及假冒注册商标罪等，那么即使权利人不追究，司法机关也会依照法律规定去追究其刑事责任。

因此，虽然商标权利人的不追究可能会影响工商部门的处罚决定，但侵权行为的违法性始终存在，不能忽视法律的规定和可能带来的后果。同时，我也建议权利人应明确自身权益，即使选择不追究，也应让侵权方知晓其行为的违法性，以维护市场秩序和公平竞争。