药品行政处罚的原则主要基于保障公众用药安全、维护药品市场秩序以及确保法律法规的严肃性。在具体实施行政处罚时，通常会遵循以下几个核心原则：

一、法定原则

药品行政处罚必须严格依照法律法规的规定进行，包括处罚的种类、幅度、程序等。例如，根据《中华人民共和国药品管理法》的相关规定，对于生产、销售劣药的行为，会明确没收违法生产、销售的药品和违法所得，并处以相应金额的罚款。这一原则确保了处罚的合法性和权威性。

二、公正、公开原则

行政处罚应当公正对待所有违法行为人，不偏不倚，确保处罚的公平性。同时，处罚的过程和结果应当公开透明，接受社会监督。例如，市场监管部门在公开行政处罚文书时，会详细列明处罚的依据、种类、幅度以及理由等，以便公众了解和监督。

三、过罚相当原则

行政处罚的种类和幅度应当与违法行为的事实、性质、情节以及社会危害程度相适应。对于轻微的违法行为，可以给予较轻的处罚；对于严重的违法行为，则应当给予较重的处罚。例如，在案例中，对于未取得药品经营许可证销售药品的行为，根据违法所得的金额和违法行为的性质，给予了不同幅度的罚款。

四、教育与处罚相结合原则

行政处罚不仅是对违法行为的制裁，更是对违法行为人的教育和警示。在处罚的同时，应当注重引导违法行为人认识错误、改正错误，并采取措施防止类似违法行为再次发生。例如，在处罚决定中，可能会要求违法行为人限期改正违法行为，并加强内部管理，确保合规经营。

五、综合裁量原则

在实施行政处罚时，应当综合考虑违法行为的事实、性质、情节、社会危害程度以及当事人主观过错等因素，进行综合裁量。例如，在案例中，对于当事人购进劣药但来源渠道正规合法、履行了进货查验与销售记录义务的情况，综合考虑了其主观过错较小等因素，给予了免除其他行政处罚的情节。

实际应用中的体现

以您提供的案例为例，对于未取得药品经营许可证销售药品的行为，市场监管部门依据《药品管理法》的相关规定，对违法行为人进行了没收违法所得和罚款的行政处罚。同时，在处罚过程中，也充分考虑了违法行为人的主观过错、违法所得金额以及社会危害程度等因素，进行了综合裁量。这体现了药品行政处罚的法定原则、公正公开原则、过罚相当原则以及综合裁量原则。

综上所述，药品行政处罚的原则是多方面的，旨在确保处罚的合法性、公平性、适当性以及教育性。在实际操作中，市场监管部门会严格遵循这些原则，对违法行为进行严肃处理，以保障公众用药安全和维护药品市场秩序。